mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGCCAAGGATGACTTGCCTA GGCAGTCACCTTGGCTAGC CTTACCTCTGATAGCCAAGGATGACTTGCCTATGTCTTCTTCCTCCCTCAGATGCCTAATTAGCCTTGGAGGTGTGGGGTCTCATGGGCAGTCACCTTGGCTAGCCTGAGTGG GGCACGAGGGCAAAGCCTTACATGGCTGCAAGGGCCTTACCTCTGATAGCCAAGGATGACTTGCCTATGTCTTCTTCCTCCCTCAGATGCCTAATTAGCCTTGGAGGTGTGGGGTCTCATGGGCAGTCACCTTGGCTAGCCTGAGTGGCTCTTGCTGCTCATGCTAGGCTGAAATTGCTTCTCTTGATTTGTTGCATGTATTTACAGAAGTGAAAAGAACTAGTTTTTGTTTCTAGAACATAAACGAATATATAATTACATATTCATCTTGCTTTATGCTCATATCCCTACACCTTAAACATGCAGGTGCTGGCTAATTACTCATCAAGCATGGAGAGGACAGAGGAAAGCTATCGAAGCAGAACATGAGCTGATAATCGCATGTCAGAAGTTGGAACAAGATGGCGTTGTTCATCCGGGATATATAAACTTATGGACCTTAGATTCTCCTTTTTGTGCATTGATATGCATGTAGATCTAGCCGACAAGGACCTTGCTGTAAATTTGCAATATCTGGAAACGAATTTGTTGACCCAGGTGATCAGATCTCCTGTATGAAGTCGAC 0 2 5' arm Festuca_arundinacea mirnest MIR169_5 0.0000000004 far-MIR169 1e-59 -43.4 .....(((...(((((((((.(((((.(((((((.((((..(((((....((.((.......)).)))))))...))))...)))))))))))))))))))))....)))... (-43.4)