mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GCTGCTGCTGCTGATGCGAAT TTGCATCTGCGGCTGCTGCGA AGCGGCGTGGCGGTGGGCGTGTTCAAATTGGTAGATGCCACCGGTGCGGGTGTTATCTGGGTTTGCATCTGCGGCTGCTGCGACTGCTGCGACTGCTGCTGCTGCTGATGCGAATTTTGCTGCGACTGCCGGTGTTGGTGTCCTTTGCCCTTGGACTTATTGCCACCGCTCGAT ATATCAATTTTTATTTGAATTAAGAATTTTCGATTGCATTATCGGTTCAAGAATCAAAGGATAAAACTTCGATAAAATGCACGGTTTGCTGGAGGATTTGTTGTTGGCGAGAAGGGGAACCCATCACGAGCTCCATCCGAAGAGCCGCTGTAAGATGCCGCGCCTGTTCTCAGAGGCGGCGACTGCCGCCGATGCGGTTCTCGAGGTGGCCAGATTTTCGGAGGCATTTCGGGTCTCCGACGAACTGTTACTGGTCGTTGTCACCACTGCCGGTGTGGTGGTGCGGCGATCGGGCAGGGGTCGAGCAAGGGGGGCAGCTGGAATCGAGGCGGCGACGGCTGCGGCCAAGGCCAGGGTGTCCTCCGAAGGATGCGAGGCCAGCGGCGTGGCGGTGGGCGTGTTCAAATTGGTAGATGCCACCGGTGCGGGTGTTATCTGGGTTTGCATCTGCGGCTGCTGCGACTGCTGCGACTGCTGCTGCTGCTGATGCGAATTTTGCTGCGACTGCCGGTGTTGGTGTCCTTTGCCCTTGGACTTATTGCCACCGCTCGATTTGGGATTTGCCATAGTCTAGGGGATAGTACTTTTTTTTAGATATCA 3 0 3' arm Drosophila_melanogaster mirnest 100 100 -64.4 .....((.((((((((.((.((((((...(((((((((((((((((....(((.....(((((((((((.(((((.((.(((...........))).)).))))).)))))))))))....)))..)))))))...))))))...)))).))))))....)))))))))))).. (-64.4)