mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCCAAACTCGAAGGAGTTTCA AAGCTCATTCGATTTTGAATA TCCTATAATGTTGTTCATATACCCAAACTCGAAGGAGTTTCACATTAAGAAGAGCAGCAGACGCGGAATAATTTGTTCGAGCCCCTTGAAATTCATTTTACAAATGCATTTCTTGCAGTTCGAAAATCTTTCTCTGCCAGGTGTTGATTTTTGAAATGTGAAGCTCATTCGATTTTGAATATATGAGCAACATTTCTTG GCACGAGCACCACAAAAATGTACATCGAGGAAACCAATTTTAAAAATTAAATATATTTAAGTTCAGATGGCTTCAAATATTTAAAACCACAAAATTGACCTTAATCTGGACCAGGATCCCTAAAATCTTCAGAAATTCAAACAAGGATGCCCCAAACGTGATCAGCTTTACTTTCCTATAATGTTGTTCATATACCCAAACTCGAAGGAGTTTCACATTAAGAAGAGCAGCAGACGCGGAATAATTTGTTCGAGCCCCTTGAAATTCATTTTACAAATGCATTTCTTGCAGTTCGAAAATCTTTCTCTGCCAGGTGTTGATTTTTGAAATGTGAAGCTCATTCGATTTTGAATATATGAGCAACATTTCTTGATATGTAAGAGCAACGAAGTGCGTCGAATAAGCTGGGAATTGTCTGCCAGAAACAAAACTATATAAATCCAGAAATACGGGTTTAATGATCAGGACGTTCAAATCACATGGCTGATATACATCCAAACCATCTAAAATATGGCTTGCTTGCCATGAAACAGTCTTAAATTGAGAAATACACAAACTCAAAATAATTGACACCTTAATATAAGAAGAGATTTGAAGTGATTTCAAATTTTGATTACACGGTGTGGACGGAACAGAAATA 4 0 5' arm Drosophila_melanogaster mirnest 100 dme-mir-997 0.00004 -65 ......(((((((((((((((..((((.(((((.((((((((((((..(((((.(((((...(((((........(((((((.....(((((.(((((...))))).))))).....)))))))........)))))....))))).)))))..)))))))))))).))))).))))..)))))))))))))))..... (-65)