mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTGTGTGTGGTTGTGTGTGTG TTTTACATACTCGCACACTAAG CTTACATGTTGTTTTGGTTTTATTTTACATACTCGCACACTAAGACATTAAGGTATGTGTGTGTGTGGTTGTGTGTGTGTGCCCAATAAGGAATCGTC ACACTAATACTCGTCTCGTTCGTGGGGGAAATGATTTCGAATCGAATTTCGTTTCTTGCAATTTCGTTTACGTTGCGTTGTGGCTTACATGTTGTTTTGGTTTTATTTTACATACTCGCACACTAAGACATTAAGGTATGTGTGTGTGTGGTTGTGTGTGTGTGCCCAATAAGGAATCGTCAATATATATTTATATAGGTTTCTAATACATAATAGACATCTATTGGAATTTCAAACGTGCTAGCATTTGCTTATGTTAAAATTACTCATATTATTTGATTTGTATTAGTTTTTTTTTTCAAAATTATCACCAGTAATTACGCATACGACTACACTATGCAGTTGTCCGTTTGCCCCTAAAAACATTCCATCGTCCTTTGTCTGTCTATGTCTGTGTCTGTGTCTTCTGGTTGTTTGTCTGCGTCTGTTGTGTAGTGGGTGTAATTTGTGGTGTAATTATGTAAGTATTCGCTTCTCATACATGTAATTGCATTACTAATAAC 4 1 3' arm Drosophila_melanogaster mirnest 100 100 -22.7 ........(((((..(((..(((..((((((.((((((((....((((......))))..)))))))).)))))).))).))).)))))......... (-22.7)