mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AATATACTCCCTCCGTCCCAT GAGGCGGAGGGAGTATGCTTTCA TTGCTGCTTTGAATATACTCCCTCCGTCCCATGAAAGTTGTCTGAGATTTGTTAGATTTGGATGTATCTATACACTAAATAGCATCTAGATACATCTAAATTTTGGTAAATCTCATACAAGTTTGATGAGGCGGAGGGAGTATGCTTTCACTTAAGAA GGCACGAGGCAGATTTGTTATCCGGCTGATAATTACAGTGGAAGCTTATTCATTATTATTTCTGCATTTTATCAAAATGTTTGTTGCACATAATCTACGGCTACTTGCATTTTCTTATGCCTTGCATTTTTAATTCGTTTTGCCTGATGAAGTTTTAGTTTGCCAACAGACATGGAGCTCTATATCATCACGGTAAGGAGCAAAAGTTTTTGTTTGGTACTCGAATTTGCTGCTTTGAATATACTCCCTCCGTCCCATGAAAGTTGTCTGAGATTTGTTAGATTTGGATGTATCTATACACTAAATAGCATCTAGATACATCTAAATTTTGGTAAATCTCATACAAGTTTGATGAGGCGGAGGGAGTATGCTTTCACTTAAGAATAACAAGGAAGTTCCTATCAAATTTGCCACGCATGGTGTGCTTTGGCTGCAGGACTGCGGAAGAAAGCAATTTGGCGACTGAATCTGGCGCCTGCGTGCAGGTGCAACCTGCCTCAATTTGTTATTAGGGGTCTC 1 2 5' arm Festuca_arundinacea mirnest MIR1122 0.000009 100 -60.8 .........(((((((((((((((((((.(((.(((.((((.(((((((((..(((((((((((((((((................)))))))))))))))))...))))))))).)))).))).))).)))))))))))))))..))))........ (-60.8)