mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AAAGTGCTTCCTGTTTTGGGC CCAAAACTAAGTTCTCTCT ATTTGATATCACCCAAAACTAAGTTCTCTCTTGGGTTCTCTTGATGGTCAGAAAGTGCTTCCTGTTTTGGGCGTTATCGAT AATTGGTTCAAATTAGAAATGGTATCATTTGGGTTTATACAGGACATCAATCCTAGAAAGTTGTGAAAGCCTTCCAATGGATTGATAATGTGACAGATACAACTAATTTTCAATGCAATGGCAATTTTACATTACCCAAAACTAGGCCCTCTCTTGTGTTTCAATTATTAAGAAAGTGCTTTTTGTTTTGGGCATTGTATGTTTTGGGCACTCCATTTAGAAATCCACCTTCTCCAAGAAAAAGCACAATTGTCTGTGGAAGAGCCGTTAGCTGACCAATTTGATATCACCCAAAACTAAGTTCTCTCTTGGGTTCTCTTGATGGTCAGAAAGTGCTTCCTGTTTTGGGCGTTATCGATTGGAGAATTTAACTTTGCAGCAATGGGATGATTTATATTTGTTTCAGACTGCTTATGTAGCACCCAAAACGGGGCTCTCTCTTGTGACTGAATTATGATGAGAAAGTGCTTTCTGTTTTGGGCGTTCTGGCCATCAGATATACGACATGGAATTGGATGTTGAGAGGCAGCTTGTGAAAAAAAAGGCATGGAGGCTTATCATCCATGTCAGAAATTTATTAGTGGCCGTAAAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN 4 2 3' arm Xenopus_laevis mirnest 100 xtr-mir-427-1 0.0000009 -20.2 ..((((((...((((((((.((((.((.(((.((..((....))...))))).)).))))...))))))))...)))))). (-20.2)