mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTGGTTTTTTTTTTTCCTTT AGGAGGATGATAACCAGGAA AAGGAAGGAGAGGAGGATGATAACCAGGAAATTCCAGAAGGTGCAGAAGAAGAGGAGAGTATGGAGACACAAGAGTGATGTCAAGTTAAAGATTTCACTTGTTCTGGATTCTCCCTGTACCAGCCCCGGGGCAGAACATATTGGGTCTATTTCTGGACCAAACTCCTGTGGTTTTTTTTTTTCCTTTGTTCTTAAC CGGCACGAGGTCAGTTGGCATTACAGACCCCTGTGAAAGTGGCAACTTCAGGGTTCATACTGTCATGACTCTGGAGCAGCAGGACATGGTTTGTTACACTGCCCAGACGTTGGTCCGAATTCTCTCACACGGAGGCTACAGGAAGATTTTGGGCCTGGAGGGAGATGCCAGTGCTCTTGCCACTGAGATGTCCACCTGGGACGGTGTCATTGTGACCCCTTCAGAGAAGGCCTATGAGAAGCCCCCTGAGAGGAAGGAAGGAGAGGAGGATGATAACCAGGAAATTCCAGAAGGTGCAGAAGAAGAGGAGAGTATGGAGACACAAGAGTGATGTCAAGTTAAAGATTTCACTTGTTCTGGATTCTCCCTGTACCAGCCCCGGGGCAGAACATATTGGGTCTATTTCTGGACCAAACTCCTGTGGTTTTTTTTTTTCCTTTGTTCTTAACTTGNGATGNGACTTGTTTTATACTGNAGGGATATGTTGTTGTTTTTTTTGCCANCAATAAATTTT 4 1 3' arm Xenopus_laevis mirnest 100 100 -55.9 (((((...(((((((((.((.((((((((...((((((((((((((.......(((((((.(((((......((((((.(((........))).)))))).))))).)))))))))))))).(((....)))(((.((...))..)))..)))))))......)))..)))))..)).))))))))).)))))... (-55.9)