mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGAGGGAGGAAGGGTGATATT AACCACCCTTGCTTCTGGCCTT TAAAAAACAGGGGAGGGAGGAAGGGTGATATTAAGGGGGAAGGGGTNCCACCCCAGCTCATCATTAAAACCACCCTTGCTTCTGGCCTTTAATGTAG TTTTTTTCAATATTTTTTTTTTTTACTTTTCCTCGACAGAGCCAAACATCTCCCTTGGTGGGGGTAGGTGTTCCATACTGCATTGTACAATAAAACACGACATTGGTTTTAGAGTCACAAAAAAAAAAAAACCTGCATTTTTAGTTAACGGAAAAAAAAAATATCCATAAAATGAGAATATAATTCTCATCTGAGCAAAGGTGCAAGCAAGATGGCTTTACACTAAATACACTGCAGTTTTACCATAGGAAACATTACATCACAAATACCAATATACAGACCCAGAATTGAACCGGAGCCTAGTGGTGCGCCCTAAAAAACAGGGGAGGGAGGAAGGGTGATATTAAGGGGGAAGGGGTNCCACCCCAGCTCATCATTAAAACCACCCTTGCTTCTGGCCTTTAATGTAGGTATTATTATAAGGTCACCCACCCCCCAATACCTGTCCT 5 1 5' arm Xenopus_laevis mirnest 100 100 -31.4 ........(((((.(((((.(((((((...((((..(((..(((((...)))))..)))....))))...))))))).)))))..)))))....... (-31.4)