mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTCATGGGACGGAGGGAGTA ATTCCTCCGTCTTATAAAACA ATTCTATATATTCCTCCGTCTTATAAAACATGTCTAAGATTTGTCAAAATTTGGATGTATCTAGCTACTAGTTAGTGTCTAGATGCATTCAAATTTTGACAAACTTCCGACATGTTTCATGGGACGGAGGGAGTACTACCC GGCACAAGGTGACATGTCTATGGGACAGAAACTGGGCGCGCCGCCTACATATGAAGCCGAGCATGTAAAAATGCATGAGTCGATGTGGATCGAGCAAAATCCAATCTGCTTCAATCGCGGAAGCATTCTCCCCTCTTATCGGCAAGGATTAATTACCCCATGCTGAAACTACCTTTAGCATACTGAGCCTATTTTTCGAAAGAGGACATGTGATTCTATATATTCCTCCGTCTTATAAAACATGTCTAAGATTTGTCAAAATTTGGATGTATCTAGCTACTAGTTAGTGTCTAGATGCATTCAAATTTTGACAAACTTCCGACATGTTTCATGGGACGGAGGGAGTACTACCCCG 4 0 3' arm Festuca_arundinacea mirnest MIR1122 0.0000000005 osa-MIR818d 0.0004 -66.3 ..........((((((((((((((.(((((((((.(((.(((((((((((((((((((((((((.((((....)))).))))))))))))))))))))))))))))..))))))))).))))))))))))))......... (-66.3)