mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTTATATATGTGTGTGTTAT TGTACATACGTATTTAATATA TTCTCTGCATATTGTACATACGTATTTAATATAGAATTGTGTTTCACAAAGTAGACACTTTATACTCTATCAATATGGAGGACACCTAATGTTATATATGTGTGTGTTATACTTTATAG CAGAATTCACATTCCTTTTATTTGTCCTCACAATAAACATTTATTTGGTTATAAGTAGAAGATGTCTCCTAAATCCTGTGTTACACTGTAGAGTTAGTGAAGCAGATTTATAGGACTTCTCTGCATATTGTACATACGTATTTAATATAGAATTGTGTTTCACAAAGTAGACACTTTATACTCTATCAATATGGAGGACACCTAATGTTATATATGTGTGTGTTATACTTTATAGACCCCACTGAATAAATCGGGGACAATATAATCCGAGTGGACCCCGTCGATCAGCCCCTCCCCGTGGGTATGGACAAACCAGCACTGCACTTTACT 5 0 3' arm Xenopus_laevis mirnest 100 100 -19.3 ..............(((((((((((.((((((......(((((....(((((....)))))...((((((....)))))))))))...)))))).)))))))))))............. (-19.3)