mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GATGGTGTGGTTGTGTGTGTA TATATATAATAAGCTGTTAG TTTCTACAGAAGATGGTGTGGTTGTGTGTGTATGCGGGTGTGTGTCTGTAGATATATATAATAAGCTGTTAGATGTTAAC GGTTAATCTACCCCTCTTTTTCTATACGTGAATGCAAAAGTGTTACCCTCTTCAGTCAAAACAAATTACCTCAGATTGCTGTTGGAGTTTGAAAACTTGAATAAACTTCTCTGCATGTTTTTTTTTGTAGGGAAGCCAAGCAGGCCAGTTTGCATTATGTTTTTGTATTTAGTCATCTGCACTATTTGGTTCTTTTCTTGTGTGCCTTCTTAAAATGTAGCATTTGTACATTTTTGTTTTATTTCTACAGAAGATGGTGTGGTTGTGTGTGTATGCGGGTGTGTGTCTGTAGATATATATAATAAGCTGTTAGATGTTAACGCTAGAAAGAAACCGCTTTGGAACTGATTAATAATGGGATTCATGTTGCCATCTTTTATTTATGCCTTTGCCTCAGACAAATGCTTGGGTCCAAAGATGCTTTCTTGTAGTGGTAAGGGCTGAGTAGTTGCATTAATGGGGCACACTTTTATTTTTCTGAAGGCATTCGGTCCACTGCCCTGTCTAGCATTTTAATTTTTTTTAATCACATCATTATTTCCCTCCTTTGAGAAGATAAGTGTCTTAATATTATGCTATTGTTTTGCACAGAGTGTTAGGAGTGAAGATACGTGGTACTGTAAAGCTTAGTTGAGAC 3 1 5' arm Xenopus_laevis mirnest 100 100 -18.6 .....(((...((((((...(((((((((((.((((((......)))))).)))))))))))..))))))...))).... (-18.6)