mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GCTGGTCAAACGGAACCAAGT TTGGTCCCCTTCAACCAGCTA CCTTACAGGCTGCTATGGCTGGTCAAACGGAACCAAGTCCGTCTTCCTTAGAGGTTTGGTCCCCTTCAACCAGCTACTGCAGTACTGAAC GGGGGGGCATAAAGCAAGAGACATGCACTTGGGGAACAAGCTGGAGGAGCGCTCCTTGCCCTTGGGCTGCAAAGGATTTTGTGGAGAGCAAAGGAGATTTAGGAACAGGAGTAGGAGGGGAGCAAGCGTAGCCAAGCACAGCTAGTATTTTGCCACACACAGGTATAGATTGTACATAACCAGCTTTTATAGGGCCCCCTGTGTCTCTATTAACTGGAGTGTGTGCCAGGTCTCTTGAGTTATATTTTAGAAAGACAGGGTAAGGGTATGATGGCGTCCATATGTATGTATGTAACAGACAGGGAATGGACAGAAAACAGATGGAAAACTCAAAAAGGAACATGACGGCCGTTATTCAGGTCGTGCATGAGGGATCTGGAAGAAGAAGGAGAAGACCTCACGTTCCTGGGCCTTACAGGCTGCTATGGCTGGTCAAACGGAACCAAGTCCGTCTTCCTTAGAGGTTTGGTCCCCTTCAACCAGCTACTGCAGTACTGAACCTCAATAGCCCCCAGCCAAGATTCTACTGCTGAGCAAGCAAAGGAGGTTCCGCATGGGAGGAGCAATAGCTCCATGTTGTAGCCCTACCCTGGAGGGACATGTATTTATCTTTTTTTGATGTTTCTACCCAGGTCTTGTAGCCAGGGGCCCCTTGAAAAGTGATTTTTTGTCTGTTTTTTTAAAATCCTTTCCCTAAATTTTGTGGTCCAATCCTCCCTGGGCCCTCCTGGATTCT 5 0 5' arm Xenopus_laevis mirnest mir-133 2e-27 xla-mir-133b 1e-34 -31.3 .....((((((((..((((((((..((.((.((((((.((.(((.....))))))))))).)).))..))))))))..))))).)))... (-31.3)