mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTTGGTGTTGTGCTGTGGAAG TGCATGGCATGAGACTGAGAT TTGCCTGAGGTTGAATGTTTGCTACTGCAGACGACAGGTCTCCGGAAGACATTGCATGGCATGAGACTGAGATTGCCGGGAGTAATAGTTTTTGCTTGCAGCGGTCTTGGTGTTGTGCTGTGGAAGGTCTTTTGGGAGACTTGTCGTCCGTGGTAGTGAATATTTAACCTGTGTG CCACGCGTCCGAATCAATATTTGTTATCCCTTTCTGAAGAAGTTCTCCTCCTGATCTTTTAAGTAGTTGCTTCTCCTATATTGTTTCACTGACCTGACGCAGTGGTGCACAGTATGTAAACATTCTGACAGATACTACTTTTAATAGCAGTTACATTTACAAATAATATATGTATATTGTTAAGTTGCTGCATGCAAAAAAAGTCATTGGGGGAGGATTTTTTGAAGTGAGGCTGTAAAATGTCTCAATTTTTTTATTTTTGTGTTTTATATTTTCATTGTGTATACTTTTTGTAATTCCAGGGTTTTAACTTAACCTGTTTTACTGTGTAAGTTTAGTTTAGGGAGTTTGTATTCAGCTGATCTTTTATCGTCACATTTAAGGGCCAAGGCACACCGGGAGCTTTGTTGCCTGAGGTTGAATGTTTGCTACTGCAGACGACAGGTCTCCGGAAGACATTGCATGGCATGAGACTGAGATTGCCGGGAGTAATAGTTTTTGCTTGCAGCGGTCTTGGTGTTGTGCTGTGGAAGGTCTTTTGGGAGACTTGTCGTCCGTGGTAGTGAATATTTAACCTGTGTGCTATCTTCCTAAAGAGAAAGAAGGTCTAAATTACTGGCGGTGCCAAATTTTATGCACTCCGTAGTGGTTGTGATCACTCACCTGAAACCCAGGCTGGTGCTCCTGTTGGCAGAAACCTACACTAATACTANNGTGCTTTTCATTGAGCACCATGAAGTGATCCACTTCCTCCTCTTTTTTCTTAAATACCCCAGTGACAATGCATGCGCCATTAAAGTGAAAAAGCCCATCTATTCTTTGGTTAAAGTTTGAATTTTTTCGCCTCTCCCTTCCCCATGGCGCCAGACCAGGTTGGCTTTGCAAAAGAAAAAA 3 0 3' arm Xenopus_laevis mirnest 100 100 -84.6 .......(((((((((((((((((((((.(((((((((((((((((((((.((.((((((((((.(((((((((((...((((((......))))))...))))))))))).)))))))))).)).))))))).)))))))))))))).)))))))))))))))))))))..... (-84.6)