mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CAGCTGGTTGAAGGGGACCAA GGTTCCATTTTACCAGCTTTA ATGCAATCCTACAGCTGGTTGAAGGGGACCAAATCCATTGAAGAGGTGATTTGGTTCCATTTTACCAGCTTTAGCAAAGCA GTGTGCACCTGTAATNCTTTATTTTGGTTTNTGCGCACAACTGGNAATTAAGAAAAATGCAAGAGACCATTGAGTATCACACATTGAACATTGTTGAGGGCAAAGGAGAGTTTCTTTACTTCTACCAGAGAAGACGTGGATGGACCACAAATGATGCTCCACGCTGTTCATTTTATTTAGCAACTAGACATTTCACTGCAGCGTTATTGTCGTGAGCTGCCAAGTTTCCCGTGGATATGTAGTCCTCAATGCAATCCTACAGCTGGTTGAAGGGGACCAAATCCATTGAAGAGGTGATTTGGTTCCATTTTACCAGCTTTAGCAAAGCACTGCAGCGCAATAAAAATAGTTAAAAGAAATACAGAGGTCACAATGCATTGGTGATGACAAGATGACAAGTTCCCTATGCCTTAAAGTTTTGTAGTGTTAATACAGTTTTTTTCATAACCTAAAATTGCCATTTGTAGCTCAAAAGTACAAATATCCTATACAGAAATGCCTGCCAACGCGTGCAGAGGTAAAACAAGTAAAAATTTTCGAACCTTGATTAACAACTGGGATGTACAAAATAATATTCCAAATGGAATCGTTTAAATCGAAAGCATTGCTCAAAAAAGCTATATTAGCAACTGCCCATTGTTTTCTGTTTGTGCAGAAAGTCTAATGCATTAAATACACAGAAGGCACAGGCAATTCAAGGGGGAAGTTGGATAACTATACTTGAAATTCTACATATATACACACAGCTTTATGTAAACATTGAAAGTTACTGCAT 3 0 5' arm Xenopus_laevis mirnest mir-133 1e-27 xla-mir-133a 9e-41 -32.6 .(((....(((.(((((((.(((.(((((((((((.(((.....)))))))))))))).))).))))))).)))....))) (-32.6)