mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGGAATGTTAAGAAGTATGTA CATACTTCTTTATATGCCCATA CTTTGATATCGGTCTTTAGGGCACATACTTCTTTATATGCCCATACTGAATGCCAATGCTATGGAATGTTAAGAAGTATGTAACCTAAGGTTGCCTTTTCAG ACTGGGACTGAAAAACCCTCCTCTGTATTTTTTTTTAATAAGCAACTCTAGCCTATATCAGTAAGATGGCTGCAGAACCTGAAGATGAAGAATTTTCAATGCCTTTGATATCGGTCTTTAGGGCACATACTTCTTTATATGCCCATACTGAATGCCAATGCTATGGAATGTTAAGAAGTATGTAACCTAAGGTTGCCTTTTCAGCTGGGACGCAGTTTGGTTCTACCCACTTCTGGACAGTGGAAGATGTTGGCAGAGTCAAGACAATTCCAGTTCTGCTTTCTTGATATGAATGTGCTTCTAAAAATAAGATGAGAATGTTCAAATTATCCTGTTGATGTTATGATGATTCTACCACTAAGGTTTGGTTGAATGCGCTAAATATGTTGTAATTAGCTCAAGTGTCTGATGGGGTGGTCTGGATTCCTGGCTTGTATATGTTAAATTAATGGGTTTATACATTGGCTTTCAAGTACATATATATATGTGGCAGCGTACACAACTTGTATACTGGGACAAAAAAGGATAGTCTGTCTGGTTGCGCTGGTGAAAAGGAACCACATCAACCCAGCAAAAGGATTTGGTCCCCTTCAACCAGCCGCAACTGGCCAGGATTGCTTTAGGTAACTGGCCCTATCCCGTTCTATCAACTCTAGTCTATGGCTTAGAGCTTGAAGCTCAGTTTACTAACTGTCTGCCGGTCCTGAATTTGGGTTCCTGAAGTTTCCAATAAAGGCATATGCTATGGATTTTTGTTGTAACAGCAAATAGATAAGGGAAGGTTCTTTATGTCTTTCAGGTGTCCAACAAAACTTGTGGGTACTGCTCCAACATTAATATCTAGGNATCTCATAAAAGATACAACATT 3 1 3' arm Xenopus_laevis mirnest mir-1 3e-32 xla-mir-1b 2e-27 -29.8 ...(((....((((((((((..(((((((((((.((((..(((((.(..........).))))).)))).)))))))))))..)))))))..)))...))). (-29.8)