mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ACATACTTCTTTATATGCCCA GAATGTTAAGAAGTATGTAA CCTTTGATATCGGTCTTTAGGGCACATACTTCTTTATATGCCCATACTGAATGCCAATGCTATGGAATGTTAAGAAGTATGTAACCTAAGGTTGCCTTTTCAGC ACTGGGACTGAAAAACCCTCCTCTGTATTTTTTTTTAATAAGCAACTCTAGCCTATATCAGTAAGATGGCTGCAGAACCTGAAGATGAAGAATTTTCAATGCCTTTGATATCGGTCTTTAGGGCACATACTTCTTTATATGCCCATACTGAATGCCAATGCTATGGAATGTTAAGAAGTATGTAACCTAAGGTTGCCTTTTCAGCTGGGACGCAGTTTGGTTCTACCCACTTCTGGACAGTGGAAGATGTTGGCAGAGTCAAGACAATTCCAGTTCTGCTTTCTTGATATGAATGTGCTTCTAAAAATAAGATGAGAATGTTCAAATTATCCTGTTGATGTTATGATGATTCTACCACTAAGGTTTGGTTGAATGCGCTAAATATGTTGTAATTAGCTCAAGTGTCTGATGGGGTGGTCTGGATTCCTGGCTTGTATATGTTAAATTAATGGGTTTATACATTGGCTTTCAAGTACATATATATATGTGGCAGCGTACACAACTTGTATACTGGGACAAAAAAGGATAGTCTGTCTGGTTGCGCTGGTGAAAAGGAACCACATCAACCCAGCAAAAGGATTTGGTCCCCTTCAACCAGCCGCAACTGGCCAGGATTGCTTTAGGTAACTGGCCCTATCCCGTTCTATCAACTCTAGTCTATGGCTTAGAGCTTGAAGCTCAGTTTACTAACTGTCTGCCGGTCCTGAATTTGGGTTCCTGAAGTTTCCAATAAAGGCATATGCTATGGATTTTTGTTGTAACAGCAAATAGATAAGGGAAGGTTCTTTATGTCTTTCAGGTGTCCAACAAAACTTGTGGGTACTGCTCCAACATTAATATCTAGGNATCTCATAAAAGATACAACATT 2 1 5' arm Xenopus_laevis mirnest mir-1 3e-32 xla-mir-1b 2e-27 -30 ...((((....((((((((((..(((((((((((.((((..(((((.(..........).))))).)))).)))))))))))..)))))))..)))...)))). (-30)