mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGATACATCCGTATCTAGA TAGACGCAGATGTATCTAGA AATTGTACTTCCTCCGTACTAAAATAAGTGTTTTAGTTTTGTCTAGACGCAGATGTATCTAGATCTATTTTAGTTGTAGATACATCCGTATCTAGAAAAAGTTGAGACACTTATTTTAGAACGGAGGGAGTAGCAT CAGTTCTTCCCCGCTCCTGTTATAGATAGTGAGCGTCTGAAGAGGTATGTGTTCCACAAGCTCCGCACTGAGTTGCCAGAGGGTCCGTTCTGCATCTTGTACGTGCACACAACTGTACAATCAGAGGACAACAACCCTGGAATGACAATCTTGAGGGGGATTTATGAAGAACTACCACCTGAATACAAAGAAAGGCTGCAGATATTATACTTCCTGCACCCTGGGCTTTATTCCTGGCTGGCCCTGGCCACACTGGGCAGGCTCTTCTTAAGCGGAGGGTTATATTGGAAAATCAAATATGTTAGTCGGCTGGAGTATCTATGGGCGGACATAAAGAAGGGCGAGGTTGAGATTCCAGATTTTGTTACTGAACATGACAAGATCCTTGAGCACCGACCATTGACAGACTATGGTATAGAACCTGATCCTCTGCATCTTGCTGATATACCTGCCACGGGTTACTCGCTTGGTAGGTATGAAGACAAATGGTCTCCTGAAGATAGGTGGCACTCTCGCAATTACATGTGACTTTTTGTGCTGTTGAAGGCTTGAAGTTTGATGTGTGTATAAATATTACCATGGTAACTCATACCTGATTGTTGTAGAAACCTTCTCCATAATACTGCCAAAAATTGTACTTCCTCCGTACTAAAATAAGTGTTTTAGTTTTGTCTAGACGCAGATGTATCTAGATCTATTTTAGTTGTAGATACATCCGTATCTAGAAAAAGTTGAGACACTTATTTTAGAACGGAGGGAGTAGCATGTATGACATATTAAATGAAAGCCATATTGGACATAAAAAAAAAAAAA 2 0 3' arm Festuca_arundinacea mirnest MIR1122 0.0000001 far-MIR1122 2e-40 -61.9 .....((((((((((((.((((((((((((((((((((((.((((((.((.((((((((((...(((...)))...)))))))))).)).)))))).)))))))))))))))))))))).)))))))))))).... (-61.9)