mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGATACATCTGTATCTAGAC CTAGATACGAATGTACCTAGA TCTAGTACTCCCTCCGATCCAAATTAATTGACTCCATTTTATCTAGATACGAATGTACCTAGATGCGTTTGTTGACTAGATACATCTGTATCTAGACAAAGTGGAGTCAATTAATTTGAATCGGAGGGAGTAGTAT GGCACGAGGCAAAAAATCTGAGTAAATACAAAACGGACCGGATCATTTTAATAAGAACAGGACTGAAATCATATATCCTCCAAATAATACATACTGTTTATGTCTTCTAGTACTCCCTCCGATCCAAATTAATTGACTCCATTTTATCTAGATACGAATGTACCTAGATGCGTTTGTTGACTAGATACATCTGTATCTAGACAAAGTGGAGTCAATTAATTTGAATCGGAGGGAGTAGTATAACTTTTACAAGGGTACTGCTGCTGCCTAGAATAAACATCGAATACAGCTACAAACACAGCACACATATCTCTACCTTGACAGTGAAGCCCGCGATCAAAGAGACTACTGACACATGGTGTTGTTGATGAATCCAACATGCATTGCATGCCCGTATTATACTCTGGTGTATATTTCACAATGGTGCTAATCTTTCACAAGTTTGACAACCTTGGCAATGTCTTCCTCTGCTTCTTCGTCATCGTCAGCATCATCATCACTGTCGTATTGGTCGTATTGTAAAAGGCTGAAGTCCGATTGCGCCTTCAACCTTTCTTGGATTCTTTCCTTAATGGCAGTTCCCATTGAATGGCAGCCTTCCTCGAATTTCTCTAGAAAACCAACAACCCAGCGGTCTGC 3 0 3' arm Festuca_arundinacea mirnest MIR1122 0.0000005 far-MIR1122 0.0004 -72.1 .....(((((((((((((.(((((((((((((((((((((.((((((((((.(((((.((((..((....))...)))).))))).)))))))))).))))))))))))))))))))).))))))))))))).... (-72.1)