mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ACACCTCCTCCTCTCCCTCCT GGGGGGCTGAGCTGGTGTTC GAAAACCTCCAACACCTCCTCCTCTCCCTCCTATACTGGTTTCATCAGTGACAGAAATGCCTGAGTTGCACCTTGGATTTAATCAGCACAGTTTTTGGGTTACGCCTGCTGGGTGTCATGTATTTCTTCCCGGGGGGGCTGAGCTGGTGTTCCCCTGCCG GGAATTCTACTCGTTGGAGTCCCTTCCTCCAAGTTTAAGTCAACTGAAGACACTGCAGGAACTTGACGTGTCGCACAACCTCCTGCAAAAACTACCTGAAGAAACCGGTGGTCTGAGTGAGCTTGTAAAGATGGACTTGTCCCACAACAAACTAAAGCAGCTTCCAGAGAGCATGGGATCTCTCTGTTCTCTCAGGGAACTTGTTATATACAGTAATCACCTCCATATGGTTCCATCGTGTCTAAACAAACTGCCTCAGCTTAAAATAGATGCACGAGACAATCCTTTGGGAAAACCTCCAACACCTCCTCCTCTCCCTCCTATACTGGTTTCATCAGTGACAGAAATGCCTGAGTTGCACCTTGGATTTAATCAGCACAGTTTTTGGGTTACGCCTGCTGGGTGTCATGTATTTCTTCCCGGGGGGGCTGAGCTGGTGTTCCCCTGCCGTTGCCTGCTGACAACTACTAGACTGAGCTGGGCGGAAAAGAGGCCAAACAGGAAGTGGGTGTGGCCGGAGGAACACGACCTCCTACTAAGTCGTCCACTGGAACTTCGTCCCCACGGTGTTGAATTTCTGAAGCCGGTGGAGGTGTGTGTACCGTGA 5 1 5' arm Oryzias_latipes mirnest 100 100 -41.2 ..........((((((..(((...(((((((..(((((((...)))))))..((((((((.(((....(((((.((...(((((.............)))))..))....)))))))).))))))))....)))))))..)))..))))))......... (-41.2)