mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGGCCGAAGTGGAGAAGGGTT CTCCGTTGGACTTTGACCTTT GAGAACTTTGAAGGCCGAAGTGGAGAAGGGTTCCACGTCTCAAAAATGTCCCCTGAGGCCCGAGGCGGCTCGCCTCTTCTGCGTTCAGAGACGGACACTCAAGCCAAGCCGCGCAGCTTCCTGAGGTTTATGTCCATCTAAACGTTTGTGGAACTCCGTTGGACTTTGACCTTTGTTCTGGG GCAAGTCTAAGTACACACGGCCGGTACAGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCNGTTATGGTTCCTTTGATCGCTCAAACGTTACTTGGATAACTGTGGCAATTCTAGAGCTAATACATGCAAACGAGCGCTGACCCTTGCGGGGATGCGTGCATTTATCAGACCCAAAACCCATGCGGGGCTGCTCCTCCGGGGGCGCCCCGGCCGCTTTGGTGACTCTAGATAACCTGGAGCCGATCGCGGTGCGCACAGAAGCCTGGGGCGCGAGCCCGGGTGGAGCCGCCGCGGGTGCAGATCTTGGTGGTAGTAGCAAATATTCAAACGAGAACTTTGAAGGCCGAAGTGGAGAAGGGTTCCACGTCTCAAAAATGTCCCCTGAGGCCCGAGGCGGCTCGCCTCTTCTGCGTTCAGAGACGGACACTCAAGCCAAGCCGCGCAGCTTCCTGAGGTTTATGTCCATCTAAACGTTTGTGGAACTCCGTTGGACTTTGACCTTTGTTCTGGGTTTCATGAATTTAAAATTTCAACTTTTTGTGGTTTAGTTTAGATTTGCAATGGACTCTTCCAGCTGGTGCCGC 4 2 5' arm Oryzias_latipes mirnest 100 mdo-mir-739 0.0000000000006 -55.9 .(((((...(((((.((((((...((.(((((((((((((((...........))))))..((((((...))))))....(((((.(((...(((((...(((((((((......)))).....))))).))))).))).)))))..)))))))))..))..)))))).))))))))))... (-55.9)