mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTCTGTTTGTTTTCCTTTTT GGAAGAGGACAAAAAAGACGCT TACGACACATTTGCCTTTTAGCATAGCTAGCTTTCTGTTTGTTTTCCTTTTTTTGTTTTGTTTCCATGATATTAAGGAAGAGGACAAAAAAGACGCTGATAGCCGTTTAAAGGCAAAAATGTTAT CGNTTAACCCGGNCATTATGGCCGGGGAATAGTTTCTTGGTTGCTAGACGACTCCTGTTAGCAACACAGCTGTGAAATCAGTAACCTTTGCTCGTGGAGACAACAGCTCTTTGGAGGACTTCTCAAAGTGGTTCGAACGGGCCGTTTTTTAGCTCGCGCGCGGGTCACTCTTTTGCAAATATGCGATGTTCTTTACGACACATTTGCCTTTTAGCATAGCTAGCTTTCTGTTTGTTTTCCTTTTTTTGTTTTGTTTCCATGATATTAAGGAAGAGGACAAAAAAGACGCTGATAGCCGTTTAAAGGCAAAAATGTTATGTCCAACAATGAAACGTTTATGTATTATTTAGGCCTAAAATATAACAATTTTTTTAGCAGCTACGTAAGTTATTCTGCTGAGATGTCTCAGGATGCGAGTGATGACGTTCAGACAGATGAAGACTGCGAGGAGCTGGTTGAGGAAGATTTCTCTCTGCCTGCTGATATTTCCCAAAAGAAAACCTGGAGAAAAAAATCCATTGGCAAGTCTCCACATTCTCCAAGGTCTCCATACCTCTCCAGTCTGAATACGAACCCCAGAAGAGCTGCAGTAAGAGCCTGGAGACTTCCTAGGGGCTCTTCGGGTGAAACCAGAGGAGACACTCCTGGGACGGCAGGACCGCGTCATTGCACGTCCCTCAGCAACGGTTTTGGTTATTTTTTGGGTGGATGTGACCATAGAGACAAGGAGGACATGCATGACGAGATAATTCACCTCAAGAAGAGCCTCCAGGCTCTAAACTCTGACAAACTGCAAATGAAAGCCAA 4 1 5' arm Oryzias_latipes mirnest 100 100 -33.5 ...((((..(((((((((.(((...((((((..(((.(((((((((.(((((.((((.((....)).))))..))))).)))))))))..))).)))...))).))).)))))))))..)))).. (-33.5)