mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGCATAGTCACAAAAATGAGC CATTTTTGTGGTTTGCAGCT TCTTTGAACATCTCCCAGTGTCATTTTTGTGGTTTGCAGCTAGTACTCTGGCTCCAGTTGCATAGTCACAAAAATGAGCATTGGCAGGTGTGACTGG TCTACTTGAAGAACGTCCAGACACAAGAGACCAGGACCTTGACTCAGTTTCATCTGCTTAGCTGGCCAGGTGACGGCATCCCCACCTCCACGAGACCACTGCTCGACTTCCGCAGGTAAAAGAATTTTCAAAAATGTACATTGATGCTCATTCACACACAGAAAGACTGTCCCTACTTGCATTTGTGCCAGAAGATTGCATTTTATGTTAATAATAGCACAAAATCTAAAATCTTTTGTTTTTATTGGCACATCCATTTCTTTGTTTCAAATTCTCTCATTCATTTTTTTTTATTTTTCCCTCAATTACTGCATCCATTCTCCTTGTTTTATGTCTCCTCTTTTCATCTTTTTGGCTCCCTTTCCCTCTCTCCCAGTGTGCAGGTTGATAGGTTTGTCTTTGAACATCTCCCAGTGTCATTTTTGTGGTTTGCAGCTAGTACTCTGGCTCCAGTTGCATAGTCACAAAAATGAGCATTGGCAGGTGTGACTGGCTGCTGCAAGAGGGACAGTGAATCTGTGCTTTCATCTCGACTTCTTTTGTCCTGTCAGCTCATAGAGCTGTCCTACACAACCTCATTTCTGCGTGTCTCTCTTCTCAAAGAGTCCCTCGGTGCAAATCCTTTTCCTTTGATCTGCGCTCCATCACATTTCAGCATTTACCTTCTTCATTCTTAATAATAATAATAATACATTTTATTTAAAAGCGCCTTTCAAAACACCCAAGGTCACTGTACAAAGTTAGAGGTAAAACACAATAAAA 3 1 3' arm Oryzias_latipes mirnest mir-153 2e-42 fru-mir-153b 1e-43 -36.6 .......((((((.((((((((((((((((((..((((((((((......)))..)))))))...)))))))))))).)))))).))))))...... (-36.6)