mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGATACATCCGTATCTACAC CTAGATATGGATGTATGTAAA GATACTCTCTCCGTCTAAAAATAGTCTCACTTTTGTCTAGATATGGATGTATGTAAACGCATTTTAGTTATAGATACATCCGTATCTACACAAAGTCAGACACATATTTTTAGATGGAGGTAGT CATGTATTCCTTGATATACCATAATCACAACTGTTTTAGTTGGTTCGTGGTATTGTCATAATTATTTCCTTCTAATTATGCAGCTTCTGCGCTCCGGAGCACAAACAATGACAGACATAATGGAGCTAGTTTAAATCCAAGAAGGATTGAGAAAATATTTTCTCATCCTCGCCAGCCTCGGTCTCGGTCTGTCAGGCCTAGACTTTGTTTATCAATAGATACTGACTCGGAATAGCTTGGACATCTAAATGGGATAGTTGAGTTTGCATTGGCAAGCCTTCCAGAAATCCTGATTTTTACCGGGGGTCATCAGGTTATTCTGGTTGATGTAAAGAGAAACACACGCATAGATGCTTTGTTGCCTCACCTGGTCTACAAACTTCCAAGTGTTTCACAGGGGATCTGCATAGAGGACTCTGACGGTGAGCTTATCCAATCAATCATCTCTTTCTGTAGTGTTCAACTTCTTTGACAAGCAGTCCATGCAGTTTCTTTTATGTGATACAATAATCCAAAATAAAGCTCAATAATTAGAAGAAAAGTCTGTCTCCACTTCTATTTATAGTGCAACATGAAGTGGATGAATATTATCTCCCAATGATATTTTATGCTTGGGTTTGTTTCTGAACTTTGATAAACTAGTCTCTGTTAGGTTATTTTTCTTGATATCTGAAGTTTAGCTGGTAGCTTGGTTAGCGCACACGAAGAAGACACTGTCAATGTTTTCTAATCTTGGATTGGTTTGACAATGCTATTGTCTGACTGGTCGCCTAAAAGCTGCTCAATTGCCATATAAGCTGTTTGATTTTATTATGGAAGTAGTTCAGCTTTCATATATGCAGTAACTGTGATACTCTCTCCGTCTAAAAATAGTCTCACTTTTGTCTAGATATGGATGTATGTAAACGCATTTTAGTTATAGATACATCCGTATCTACACAAAGTCAGACACATATTTTTAGATGGAGGTAGTAT 2 0 3' arm Festuca_pratensis mirnest MIR1122 0.000000002 far-MIR1122 0.000000000007 -49.6 ...(((.((((((((((((((((((((.(((((.((.(((((((((((((((.(((((........))).)).))))))))))))))).))))))).))))...)))))))))))))))).))) (-49.6)