mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGATACATCCGTATCTACAC CTAGATATGGATGTATGTAAA GATACTCTCTCCGTCTAAAAATAGTCTCACTTTTGTCTAGATATGGATGTATGTAAACGCATTTTAGTTATAGATACATCCGTATCTACACAAAGTCAGACACATATTTTTAGATGGAGGTAGT CATGTATTCCTTGATATACCATAATCACAACTGTTTTAGTTGGTTCGTGGTATTGTCATAATTATTTCCTTCTAATTATGCAGCTTCTGCGCTCCGGAGCACAAACAATGACAGACATAATGGAGCTAGTTTAAATCCAAGAAGGATTGAGAAAATATTTTCTCATCCTCGCCAGCCTCGGTCTCGGTCTGTCAGGCCTAGACTTTGTTTATCAATAGATACTGACTCGGAATAGCTTGGACATCTAAATGGGATAGTTGAGTTTGCATTGGCAAGCCTTCCAGAAATCCTGATTTTTACCGGGGGTCATCAGGTTATTCTGGTTGATGTAAAGAGAAACACACGCATAGATGCTTTGTTGCCTCACCTGGTCTACAAACTTCCAAGTGTTTCACAGGGGATCTGCATAGAGGACTCTGACGGTGAGCTTATCCAATCAATCATCTCTTTCTGTAGTGTTCAACTTCTTTGACAAGCAGTCCATGCAGTTTCTTTTATGTGATACAATAATCCAAAATAAAGCTCAATAATTAGAAGAAAAGTCTGTCTCCACTTCTATTTATAGTGCAACATGAAGTGGATGAATATTATCTCCCAATGATATTTTATGCTTGGGTTTGTTTCTGAACTTTGATAAACTAGTCTCTGTTAGGTTATTTTTCTTGATATCTGAAGTTTAGCTGGTAGCTTGGTTAGCGCACACGAAGAAGACACTGTCAATGTTTTCTAATCTTGGATTGGTTTGACAATGCTATTGTCTGACTGGTCGCCTAAAAGCTGCTCAATTGCCATATAAGCTGTTTGATTTTATTATGGAAGTAGTTCAGCTTTCATATATGCAGTAACTGTGATACTCTCTCCGTCTAAAAATAGTCTCACTTTTGTCTAGATATGGATGTATGTAAACGCATTTTAGTTATAGATACATCCGTATCTACACAAAGTCAGACACATATTTTTAGATGGAGGTAGTAT 2 0 3' arm Festuca_pratensis mirnest MIR1122 2.0E-9 far-MIR1122 7.0E-12 -49.6 ...(((.((((((((((((((((((((.(((((.((.(((((((((((((((.(((((........))).)).))))))))))))))).))))))).))))...)))))))))))))))).))) (-49.6)