mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGTGGTTCTCAACAGTTCAAC TGAAATGTTTAGGACCACTTG AAATGTGTTGTCATTCTGATTAAGTGGTTCTCAACAGTTCAACAGTTCTTTGAGAAAATTGTGAAATGTTTAGGACCACTTGACCAGTCAGACAAATGCTA GAGACTGGGCAAGGATGAGACCAAGGAGCAGTACTCAAAGGAAAAGAAGAAGCCTCTCGATGTAAGGCCTGGAACAGAGACGCTTTTGACTGAAGTTTGTCTTTGGATTTCATGTTGTTCTGTTGTGGTCTGGTTTGGATGTAGCAAATCAAAGTGCTCTTGTTTCAACAGACAGATTTTCTCAAACTAACTTTGCTGCTTTGTCTTTTTTTGTTTTCTTTTCTCAAGTGGACTCAGCAGTCTTGAAGAGCGACCTCACGCTGAGGAAATGTGTTGTCATTCTGATTAAGTGGTTCTCAACAGTTCAACAGTTCTTTGAGAAAATTGTGAAATGTTTAGGACCACTTGACCAGTCAGACAAATGCTACCGTCTTTGGAAAATGCTGCCTCTCCCATCAAGCAGGACACCTCCGGTAATCTGGTTCAATCCTGGAACAACAACTTTGTGATTTATACATACTGCCTGGCTTCCCTCTTTTTTTTTTCTTTTGTCATTCTGCCCCCTTGTGTTGCAGTCTTTCTTGCAGTCTTGGGACTTTAGGTGGGTGTAAAAATCTCTAGGATTCAGTCATTTTACTGCAGACACTGTTTTTTTTCACAGCTTTTTATGTATGTTCTCCTTTCCATTGTATTCCTACTATGCAAAGGTACTGATTAAAGCAAGTCAAAANA 4 0 5' arm Oryzias_latipes mirnest mir-203 8e-39 tni-mir-203 2e-36 -33.7 .......(((((...(((.((((((((((((.((((.((((....((((...)))).....)))).)))).)))))))))))).)))...)))))...... (-33.7)