mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGACAATGAGAGAGAGAACGG TCTCTCCCTCTTGTTTCT AACACTCCTGTATCTCTCCCTCTTGTTTCTCTTCCTCCCCCGTTGCTTCTAATCCTTCCTCTTGCTGCTACTGGATATTAAAATTACTGGTAGGGATCTCTTGAGGATAATCTTGTGGTGTTAATCAAGGTTCCTATCAGGTGGCAGCTTTTTCTTAGATCGGGGGAGATCATGGATGGGGTGCGCGGTTGCTGGCTTAGAGTGTCAACTGCTGGGGAAGGGATGCGTGCTTGTCGGCGGGTGTCTGAGAGCTACCCTCAATCACCAATAAAGTACACACAGCTGGCCTGAGCAAGCATGGCGAAGCATGGAAACGGCACCTATATCCTAGGCCACCTTCGTCTCGCTACCTACAAAAGCACTGAACGCCTCCTCTTCCAGATTAGCAATTAGTGGAGTGCTATCAGAAATAACCAAGCTCAGCAAAGAACTGGCAGGAATCAAGTACATACAATAGACATGGGCTTGAAAGAGATGCACCAAGTAGTACCGAAGGTAATCAATTGAAAAATAATGACAATGAGAGAGAGAACGGCAGGAACCT CTTTTGGAAGCCACGAACAGAGGAAACACTCCTGTATCTCTCCCTCTTGTTTCTCTTCCTCCCCCGTTGCTTCTAATCCTTCCTCTTGCTGCTACTGGATATTAAAATTACTGGTAGGGATCTCTTGAGGATAATCTTGTGGTGTTAATCAAGGTTCCTATCAGGTGGCAGCTTTTTCTTAGATCGGGGGAGATCATGGATGGGGTGCGCGGTTGCTGGCTTAGAGTGTCAACTGCTGGGGAAGGGATGCGTGCTTGTCGGCGGGTGTCTGAGAGCTACCCTCAATCACCAATAAAGTACACACAGCTGGCCTGAGCAAGCATGGCGAAGCATGGAAACGGCACCTATATCCTAGGCCACCTTCGTCTCGCTACCTACAAAAGCACTGAACGCCTCCTCTTCCAGATTAGCAATTAGTGGAGTGCTATCAGAAATAACCAAGCTCAGCAAAGAACTGGCAGGAATCAAGTACATACAATAGACATGGGCTTGAAAGAGATGCACCAAGTAGTACCGAAGGTAATCAATTGAAAAATAATGACAATGAGAGAGAGAACGGCAGGAACCTGCATGACCCATGGGAAGATACTCCACAAAGATGATTGAACTCAAATCGCTGGCAGGTGAAGAAATATCCAGAAGTAATTGAGAAAATCCCAGCAACGGTATGAAGTTGTAGTAGATGGTCTCAAGTGCCTGCAAGGGCGTCGATTGTTCAAGCATTCCTCCTGATACGGTTGCAATTCCAG 5 1 3' arm Festuca_pratensis mirnest 100 100 -142.8 .....((((((.((((((.((((((((((((((.((((((((.....(((((...........(((((((((.(((......)))..((((((((((((..(((.((((.........))))..))))))))))))))))))))))))......))))).)))))))).((.((((.((((.((.((((.(((..((((((((....))).)))))..(((.((((.(((((((((((.((((..((((.......))))..))))...............))))))..))))).))))(((((.((..((....(((.............))).))...)).))))).))).....)))))))...))))))...))))(((.((((.((....)).))))))).)).....((..((.(((.......))))).))..((((((.(((.........))).))))))))))))(((.....))).((((...))))....(((....)))...))))).))).))))))...)))))).... (-142.8)