mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTAGTTTTGTTTGGTTTTTG AATATTTAAACAAAACTAGAGG AAATTGGCTTCAAATATTTAAACAAAACTAGAGGAAAAAATGTTTTAACAAATACAGAATTGTTTAGTTTTGTTTGGTTTTTGTCTTTCTTT TATTACATTTTCTTCACTTATACCACAAAGAAAAAAATACTTCAAGGTCTTCTTTTTAAACAAAGACTGATGTAACACAGGATTTAAAAAATCTTGATTTTAGCAAAATTTGATTTTTAGATTCCAATTTTTTTTTAATCAAACCTTTTTCTTTTTCATTTGATGGTTTCTGTTGTCAAAACGAAACTTAAATACCCATAGGCCTGTGTACAACAACTGCCACAGAACTTCAAAATCTATTTTTAAACAGCAGAAAACCTGATTTTATTGATGTGTTAGAATTTCTATTTTTATTTCCTCTTTCGCCTGTTTTTAGCCGGATAAATAAAGTAAAATCATTAGGTTCAGTGCTAGACCGCTTTTTACATTATTCCATAAAATAAATTCATCCCAACTTGTAAATTGGCTTCAAATATTTAAACAAAACTAGAGGAAAAAATGTTTTAACAAATACAGAATTGTTTAGTTTTGTTTGGTTTTTGTCTTTCTTTTCCTTCTGCAGCACAGAAATCTGAAAACAGCATAAATGGCGTAAAGCAGCACAGTTTCTACTGCCAGCACCAAAAGGACAACATCAAAACTGTGATATGAGTACCACGGCATCTTGTAAGCCTCTGAAATCAGATGTCGAGCCCCTTTGTGTCGTATCACATACTCTATCCAGAAAATAGCCTGATCCANGGGT 2 1 3' arm Oryzias_latipes mirnest 100 100 -16.9 .....((...((((...(((((((((((((((.((.....(((.((....)).)))...)).)))))))))))))))..)))).))...... (-16.9)