mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GATTTCAGTGGTGTGAAGTGT CCTTCATTCCACCGGAGTCTG GGAATATTCCATGTTTTCTGTCCTTCATTCCACCGGAGTCTGTGCCTGTATGGAACCAGATTTCAGTGGTGTGAAGTGTAAAAGACATGGGGATAAA CGCTGGTAAGTTTTTATGTAACAGTTAAATGTATTTTAATCTTTCTTTTTTTTCAAGATCAGCAGCCAGTTTTAGCAACAAACTGGATTTTTTTAATGAAAAAAATCACCTTAAAATCATAGAAAAAGATGGAAAACTGATCAGAAAGGTGTAAGAGGGAAGCAGCATGTCGTGTTTGCCCGTGAGCAGGACTCTGAGGCGGGCAGACGGCGAGGCTGAAGTTGGACTGGAGCTGAGAAGCGGTGGTATTGCATCACTGATGACTAAACAGTCATTTGGTTCAGACCTGTGACAACATGCCAGAGCCGAAGATTTCAAAAACAGCCGGAAACCCTGGAGCCACGCAGCGGGACAGGCCTGGTCTCGCTCAGCCTCTGACTTCAACCAGTAGGAAAGGGAGAGGCTCTGATCCAAATCTGCTGTGCTCACTGCGTCCGCCTGGGCCCCCGGAGGGTTTCGGATGAATCACAGCCGCATGCTCTGCACCTGGTTGCAGGGCGGGCCATCTCTCCTGGTGCTCAACACAGAAACCTCGAGGCTTTCGTTAAACTGTTTTTCAACATATAAAAAGGCACTTTCCTGCTTCACGCGGAAATCAGGGACCGAATTAAAGTCTGAGTGAGATGGAGATGACAAATGTTTTCTTTTTTGACAATTGGTTTGCTTTATTTCAGGAAACAGCAGGAATATTCCATGTTTTCTGTCCTTCATTCCACCGGAGTCTGTGCCTGTATGGAACCAGATTTCAGTGGTGTGAAGTGTAAAAGACATGGGGATAAAACTTCAGCACAGAGAAACCGGGAAGTTTAAAAAGGATCCCGGATTGTTATTGTCCGTTAGACAAAAGAAACAATTTTAGATTTTTTTAATTTATTTAATTTATTGAGGTTTTTTTGTCAAAAACAGTGATTTTTTTTTAATGTTATCTG 3 0 3' arm Oryzias_latipes mirnest mir-205 2e-48 fru-mir-205 2e-20 -33.5 ......(((((((((((.(((.((((((.((((.((((((((..((.....))...)))))))).)))).)))))).))).)))))))))))..... (-33.5)