mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCAAGATCATAGAATGGGAC TTTGTTCTATGCTTGATGT GAAGACAATGGTACGGGCAGCTGCAAGATCATAGAATGGGACTTCCTTAGGGAAAAAAATACAGGTTTGTTCTATGCTTGATGTCGTGCTATAACAGTGTAT GGAACTTCAGTGTGCTGTGATAGTTAATGCCATTGATTTGTTTAAATGAAAAAGTGATTTGTTCTATAATAGAATACTTACTGTTCTAACAAAATACAATGTATGTGCCTGTGGAAGATAATCTTTTTGAGGGAACAGGATGTGCTTTAGACATACTAATCAGGTAAAAATGGTTTGACTTTGAATGCCACAGCTTACTTTTATTCTGTGAAGAAGCAAAGACATATTTAAAAGTCCATATTTTGATGATGGGGAAGATGAAGAACTTTTTTGTACAGGAATGAATTTGCTTTTCTTAACCATTTGTTAAAATAAGATATGAGTTGATACAGGCTTGCATAAATTAGTTAGTATTTGTGATATGCGAGTTACTTACGATTTTTTTTGGTTGCTTTAGAATTGCTCTAGTCTGTTTTAGGCCAGGAGGTGAAGACAATGGTACGGGCAGCTGCAAGATCATAGAATGGGACTTCCTTAGGGAAAAAAATACAGGTTTGTTCTATGCTTGATGTCGTGCTATAACAGTGTATAGGGTGGTGGTTTGTGTAACACTTTTAGTTCTTTTATCCCTTCAGCTATCACTTCTGCTGGCTACTCTGATCAATTTGTGGTTTTTTTTCCATTGCTTAGGATTGTTGTCTGGATATTTTTCTTTCTGTTCAGACTTACGTCTGCATCTACCTGTCCATATTTTCTCTAAATCTAATAGATTC 3 2 5' arm Gallus_gallus mirnest 100 100 -20.9 .......(((((((((.((....((((..(((((((((((.(((((....))).........)).))))))))))))))).))))))))))).......... (-20.9)