mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGGCAGTGAGGCTGGGAGGAG CCCCCGCCACGCTGCCATC GTCACCCTTGCTGGCAGTGAGGCTGGGAGGAGGAGCTGCCTCTGTCACCAGCGGTGAGCTCCCCTGTGGTGAGCTGGCTGTGGCTCTGCCCCCGCCACGCTGCCATCCAGGTGGC GGAGCACCTCTTCTATGAATAAAAGCTGAGGGAGCTGCACTTGTTCAGCTTGCACAAAAGAAGGCTTCAAGGATTCCTCATTGCAGCTTTCCAGTACATGAAGGGAACTTTTAAACAAGAGGGAGTCCAGCTTCTTATATGGTTTGAAAATGATAGGACAGGGGGAATGACTTTCAGCTAGAAGAGGGGAGATTTAGGTTACATGTTAAGTACAAATTCTTTACTCGGAGGGTGGTAAGGTATGGGCTGGTGGGTGGCAGCCCTGCCCATGGAGGAGGGAGAAACTGGATGGGTCCCTTCCAAACCAAACCTTTCTATGACTCTTAAGGCAGTTTTCTTGTGACTTACGTGAAAGGTAGCGGTCTCAATTGGGATCCTAGTGGTTGAGTGTCCTTCCTCCTGGCAGAGGAGTCCAGCACAAATGACACTAATTGTCACCCTTGCTGGCAGTGAGGCTGGGAGGAGGAGCTGCCTCTGTCACCAGCGGTGAGCTCCCCTGTGGTGAGCTGGCTGTGGCTCTGCCCCCGCCACGCTGCCATCCAGGTGGCCTGCTGGGCTAGGAGCAGGATGTGAGCTAAAAGCAGTGGGCTCCTGCACCAATTTAAGTGGACAAAGCAAGACTAATGACCAAATATGTGTCTTCATGGTTTTTATTTGCCACGAAAAATAGCTGTATGCTTCTCTATCCTCCTGGCTTTACCATCTCCTCAATATAACTTCTCTGACTTTTTACTGGATGGGCTTCTTGTGCCTAAATCATTTCTTATTGACGCAGGGGGCTATACTTTTATTCTGGTCCTGGCACAAGGCTTCTTTAGGTCCCTCATTCTGGTGTCCTTCCACTCTGGTTTCACTCCAGGCAAAGATTTTTCCG 2 2 5' arm Gallus_gallus mirnest 100 100 -52.4 ((((((.....((((((((.(((.(((.((.((((((((..((.(((((...)))))((((.((...)).)))).))..)))))))).)))))))).))))))))....)))))) (-52.4)