mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGTGTTGTTGTTGTTTTTCT GAAAATGGAGAAAACAGACA ATATCAAAAAGGGAAAATGGAGAAAACAGACATCTTTTGTGTTGTGTTGTTGTTGTTTTTCTTTAATATAT AATGACAGTGTTGAACGTGGAAATCCTAGCTCTGAGCCACCCCCCCATGTAGGGATGTGGCCACGCAGCTCCCTGCCCCATTGGCTCCACCTTCCGCCTAAACTGCACTTTCGAACGTGATATCAAAAAGGGAAAATGGAGAAAACAGACATCTTTTGTGTTGTGTTGTTGTTGTTTTTCTTTAATATATAACCTTTCTTTGAAACGTGAGCTTTTTATTTGCTCCTGGGGCTTGGCTCCTTCTGTGTCAACCCATCAGGACCCTCTGTAGGCGCTGTGCTGGTGGCTCCCGCCCCTTCCACCCAACCTTGGCACCGCCATGACCTTGGCCAAGTCTTTAAACCCAAACATCGCTACAGGTTCTGCTTCCCTTCGTGCAAAAAACCTGAACGTTGGCCACGTAGCTTGGCTTGGCTTGGTTTTTAGTGGAGTGCAAGGCCCAGCTGAGGAGGAGCGAGCAACCAGAGAGTCAGTTCAGATGCTAAACACGTAACAAATAACGGTGTCGGTCTTTGGGTTATACAGCTCTAGCATTAACTACAGCCTGGAGGCAGGGGTAAGAGCAAAGCCAGCCTGGGGCTGCTCCTTCTGGCACTTAATTAGATTGGTCCTGACGAACTGAACCCCCAGGCTGACCCATTGCATGAGCGCCTCAAGCAGGCGGGGCCGGGGTGGAAGCCGCGCTTCGTCCGATCGCATTTGGATGGTGGAAAAAACAAAACAGCATCGCACTTCAGGTCTAGGATTAACTCCCATGCCTACAATTTTTTACTTAATCTTTTAATATTTTGCTACTCCACTCTGGCTTTTATTTTAAACA 3 1 3' arm Gallus_gallus mirnest 100 100 -14.6 ........((((((((((((.((.(((.(((((.....)))))..))).)).))))))))))))....... (-14.6)