mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGTTGTTGTTTTTTGTTTTG AAAAAAAAAACAAACAAAA GTGGGGTGGTTTTGTTGTTGTTTTTTGTTTTGTTTGTTTGTTTTTACCTCAAGGAGAACATTATCTGGCAAATAACCACATCAGGAGTAGTGCGAAAGAGACTCATTAAATTGGTATTTCAAGCTAAAAAAAAAAAACAAACAAAAAAACCTGA CACTTGTGATCAGTTACATTCAGTAAAGGGTAAACATCAAGATGTTGTTGTCTAAAGTCCAAGTACACAAAAACATAGCAATGCCAACTGATGTCAATTGATAACAACTTCCCATTACCAATAATAATGTTTTTCATTCTGTGGGTACATTCTCAAGCCTATCTAATACACTTGCAAGCACTTCATTTGCTATAAGAGAGTGGGGTGGTTTTGTTGTTGTTTTTTGTTTTGTTTGTTTGTTTTTACCTCAAGGAGAACATTATCTGGCAAATAACCACATCAGGAGTAGTGCGAAAGAGACTCATTAAATTGGTATTTCAAGCTAAAAAAAAAAAACAAACAAAAAAACCTGATGTCTGTGATTTATTCTGTACCTTCTATATGGTCATTCACTTGGCAGCTCAGCAGCCATTCCCCGGGATTCCTTGGTATCATGAGGGCATCAATAAATGTGGCTGGGAAGAGGTTAATGGTGTCAACTCGATGGTGCCTTTCTATTAAGGTCTGACCATGAAAGTAGGCTGAATGGATGTCAGCTTCATTACCCATGCCAAAAAGGTGCCATTTAACCTTATCTTCCAAACACATGGTGAGATCTGGGAGGTATCCATACATGTACCCATGGATGGCCCAAAAA 2 2 5' arm Gallus_gallus mirnest 100 100 -33.9 ...((((..(((((((..((((((((.((((....(((((....((((.....(((.......(((.(((..((.((......))..)).)))...)))..)))........))))...)))))..)))).)))))))))))))))..)))).. (-33.9)