mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCCTGGCTCCCTGTATGCCA GCGTGCGAGGAGCCAAGCATG AACTTGGGATATGCCTGGCTCCCTGTATGCCACTCGCGTAGCTGCCAACTCGGTTCACCTCCCACCACCGTAGCGTTGGCTCTACCGCGGATGGCGTGCGAGGAGCCAAGCATGACCATCTC AGCTAGCCCGTCCTCTTCCACTCTTCTTCTTCTTCTTCCTCCAGACGCCCACCAACACCACATGCCTCTACGCTCTCTAGACACCTAGCTCCCTCTCCCTCTCCGCAGGCACAACGTGGAATGAGCTCTTCTTGTTTCTTTACTAGCTAGTAGCTCCTTCAAGTGTTCTCGGCTCAGCATTGTAAAGGCTTGCTCGTGAGTGAGTGAGGGTGCGCAATGCAGGTATGCAATGCAGCTTCTGTGGAGCCACTCATGCCGGTAGGTGAAGGTGCGGCAGCAGGAAGAGGTGAAACAACTTGGGATATGCCTGGCTCCCTGTATGCCACTCGCGTAGCTGCCAACTCGGTTCACCTCCCACCACCGTAGCGTTGGCTCTACCGCGGATGGCGTGCGAGGAGCCAAGCATGACCATCTCTCCCTCCCTACTCCCTCCCTCTCTCTATATCTCTGATTTTGTTTTAGGTTCTTAAAATCCTTAATTGCATCATGCACTGTATGCACAAGCTAAGCTAGCAGGTATATATAGCGATAATGGTAGGGAGTGTTACCGAGATGTAGAGTACGTTTGCCATACTTTACACACTAGCTATTTCATCCCGGATAACGAACAATCATCTGTGCACTAGTTATTCTCTCTCCCTCTGTCCCTATCATCGATTTTGCTTCAGATTTTTTTAAATTACTTGCTTCATGTACTGTATGTACAAGCTAGATAGCAGCTACGTACTGATAATGGTGGGGAGTACTTTCGAGATGTACAGTACCCGTGTACGTACGTTTTGTTCATCTGTCCTTGTGAATGGTAAGTATCTGCAAGCATACAAGATCTGATTTCCGCGTCACTAAACAATCTGTGCACTCGTCGTTAACCTCCTCTCGTTTAAGTTCGTATGCAGTACCTTTCACTATATTATTTGATAACTGGAAACATATATCCCTAACTACGTATTCAGTCGGCCTTTTTGTTCTGCTTCATGAACTACTCAGTCACATTTTTGCCTTGAACTCCAGTAACGTACAGGACGCAGGGGGCAGCACAGAGCACGGCTTCATCGAATTAATCG 2 0 5' arm Festuca_pratensis mirnest mir-160 8.0E-15 tae-MIR160 2.0E-27 -57.6 ....(((..(((((.(((((((.(((((((((.((((((((..((((((.((((............))))....)))))).))).))))).))))))))).))))))).))))).))).... (-57.6)