mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGATTGTTTGAATCAGCTGTG CAGCTGACTCAAACAAGCAAC GCCCCCCCAGGTGCACGCTTTGGTCTCTGTCCCAGCACCACACAGCTGACTCAAACAAGCAACTCATCATCAAGCTTTGATTGTTTGAATCAGCTGTGCAGTGCTAGGACAAAAACCAAAACGCGCACCCTAGCAGG ACAATATATTAAACTGTAATGCAAAATTACTCATAATAAGTGGTCATTTTGTTCAATAACGAAAATAAAATATAATATTTTGAAAGCTAGCATGAATCAGTACAGATATTTATATAAATATTAATGTGTACAGTCAGCAATGTTATGTTGGCTCATTTCTTTATTTTGCCTGGTGTTTTTATGATGACTCAGGTTTAAGAGTATCATAAAACGAGATCATAAAACAGTTTACAATTCCTTTTAAAACTCATGTTGACTGCATAGAGCCGGGTTTCCCAAACTTGGTCCTGGTGCCCCCCCAGGTGCACGCTTTGGTCTCTGTCCCAGCACCACACAGCTGACTCAAACAAGCAACTCATCATCAAGCTTTGATTGTTTGAATCAGCTGTGCAGTGCTAGGACAAAAACCAAAACGCGCACCCTAGCAGGCCCCAAGACCGAGTTTGGGAAAACCTGGCATAGAGGAAAAAGGTGATAGGTGTGTCTTTAAAAAGCATGTATAATACAAACGTACCAAACTTCACCCTTCACGCAAAATATCATCAAAATCCTTTCAGCCCCACTTGCCATGTACAGGTGGATAATACACATTNTGGCAGGCCTGCTTAATTCATTAACGCTAATTCATAAATACTAAAGAGACAGCCGAAGGGTTCAATGTAACACCAAGCAAACCGTAAAGCATGGGTCTTTAATAT 2 0 3' arm Salmo_salar mirnest 100 100 -55.3 .........(((((.((.((((((...(((((.(((((..(((((((((.((((((((.(((..............))).)))))))).)))))))))..))))).)))))...)))))).)).)))))........ (-55.3)