mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGATTGTTTGAATCAGCTGTG CAGCTGATTCAATTAAACAAC GGCCAAGTATCGGCAGTACACAGCTGATTCAATTAAACAACTCATCATCAAGCTTTGATTGTTTGAATCAGCTGTGTAGTGTTAGGGCAAAAA TCGGCCACGTCACCAGCCTCCTGCCCGACTCGCATGACCAAAACCAGTTCCACGACCAGAACCAGAGGGAGATAGAGAAATAGAGAGGAGAAAGGAGGGAAGGAGAGGAAATTATAAGCTCTCCTGAACATGCCTCCCCCCCCCCGAGTAAGTTTGTGTGAACTGCCGGTACCGGATGTCATCCCAGTAGATTGGTATTGAACCACACACTGGTATTTTAATCACCATTTATTTGTATCTAAGTGTGTCTTTACTGTACTTTCCTCATCTACCCTTCGTTCCATGTCAAGATGTAAAGCCCTATTGAACCCTTGATCCTTCTCAGTGGTGGCTCTGGGGCGACGCTTTGATGAGTGTGGGTTCGGGCAAAGGTCAGCGTCTTTAGTCGAAGCTGGGTGACCTCTTCGAAGGCAGGCTAAGCTTTCATCTAATCTGCTGTGGATTGCTTGAAGGAACCATTCCCATCCCTCTCTGGCTCCAAACACCAGAGGGTCATTTCATAACAGATACAATAGATCAAATGCATGCTCTCCCTGTTTTACTTGGACTGGACGATGTGGAACATACTCAGCATACCCATCCTTTGGAGGTTTAAAGGGATAGTTGGCTTTTTAAACGTTTTAGCTCATTGTCGACTTACCTAAGGCAGACACATTACCTAAACTCGGTCCTGCCCCCCCCCCCCCCAAGGGGCCAAGTATCGGCAGTACACAGCTGATTCAATTAAACAACTCATCATCAAGCTTTGATTGTTTGAATCAGCTGTGTAGTGTTAGGGCAAAAAAC 2 0 3' arm Salmo_salar mirnest 100 dre-mir-2189 0.0003 -32 .(((.......((((.((((((((((((((((.(((.(((..............))).))).)))))))))))))))).))))..)))..... (-32)