mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGATGTTATTTTAATGGAC CCATTTAAAAACATCAAATT CAAATTGTTTTGTCCATTTAAAAACATCAAATTGATCAGAAATACAATTTGATGTTATTTTAATGGACAAAAAAAAAA GGGGCAAAGGTTTGGGGTCACTTAGAAATGTCCTTGTTTTTGAAAGAAAAGCAAATTGTTTTGTCCATTTAAAAACATCAAATTGATCAGAAATACAATTTGATGTTATTTTAATGGACAAAAAAAAAATGTGAATTTGGTCGCAGGATTGAAGAATCTCTCTATGGGGCTTATCCGGCAAGACTAATAATGAATGTGCTTCGATAACCCTCTTATTACAATCATACCTAACCTCACCTGGCTGTCCAGAACATTTCCCAGTGTAAGTTCCTTATGTAACAGTCCTGCTGATCTTGTGAGGTGCAAGGTAAGTGGGCCTATAAGTAGCTGGTTGGCGGAGCACATTTACTGTTGTGTCACAACTTAATGTTTAACTCCATTGTGTAAACAGTATCTTTTGACATTGTTTTTAAACCAGTCGGAAGAGTGGGCGGTAGCCCTACTTGGGAGGAGTTACATTTCCTGTTAATAAGGGCACTGGTTTTTAACTTGACCATGCCACTGGAATTTGAGACCATTCCATTGGCCATAAAGTGCAAACTCCACCCAGCCGGTGCACCGGCAAGGTAAAACGAATGGGCACATCAGTACATGGCCTATGAGTGAGTGATTGACTGTTCTGACTGTGGACTC 2 1 3' arm Salmo_salar mirnest 100 100 -26.3 ....((.(((((((((((.((.((((((((((((..........)))))))))))).))..))))))))))).))... (-26.3)