mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AATTGTGTGTGTATGTGTGTG TACCTATCACAACACTTTTTC CATAAAAATATACCTATCACAACACTTTTTCAGGCATCTCTGAAGTTTGGATTTTCCTCAATCTCTTCAAGCTTGTTTTCTATCACCTGGAATTGTGTGTGTATGTGTGTGTGTGTGT GTCACACAACAGTACAAATAGATTTAATGTAGATTTTGATCAGCATCAAATCAATACTTTTTTCCTCTGCATAGCACACTATCCTTATTTCAATGTATTCTCTAGAGATCTATAACTCCTCATCAATATCTGGTAAACAATACATTCATTACTGGTAAATGTTGCATGGATCCATTTTTTTTTTACATGTTAATAAATTGTTTATTACACAATGGACCAGAGTTGAATCTGCATGTTAATATAGGTGGTCCTATATATAACAGGTTGGCTCCAGTCAAATTTAATGAAATATAATTTGATTGATGGACTGGTTGATTCATTGTCCTATATGTGACCATGGGCACTGGTCAGGTAGTGCTTTGTTGTCTTAACCATCGGGGATGTGGCACAGAGCTCAAGATTACAAGGCCCTGTGTGCCATAAACTCATATCAGGGTTCAGAGATAACGATAACTGCCATGTCATAAAAATATACCTATCACAACACTTTTTCAGGCATCTCTGAAGTTTGGATTTTCCTCAATCTCTTCAAGCTTGTTTTCTATCACCTGGAATTGTGTGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGT 3 2 3' arm Salmo_salar mirnest 100 100 -25.5 ((((...((((((.(((((((.(((..(((((((........(((((((((..............)))))))))...........)))))))..))))))).))).)))))).)))). (-25.5)