mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGGTCCCCTTCAGGCGGCT CTGGTCTGGCGAAACCAAGAC TCTCCCTCCCTCTCGCTTTCCCTCTCGTCCTGAACTGCACGCCTTGATGTGGCTGGTCTGGCGAAACCAAGACAGGTGTTTTAGTGAGGTTTGGTCCCCTTCAGGCGGCTACTGCGTCGTGAAGTCAGTCATGAGACATCCACAGCGGGATTGACAGAT AAGATGTAGTAAGGTAGAATTTACCTTTTTCAGTGGAGCCGGCTTTCTGGATGGAGTTGAGTAGAGTGCATGAAGGATAGACTGTCTGAATGACCCATTTTCACACTACGGTGGAGACAAGGAATACTCTGGGATGTGGACCGAGACCATGAATCGCAGTAAAGGAACAAGAGGACGATGTGGGACTCTGAAGTCATGGGTCCAAAATATCATCTCCACTGCCCTCCTGTCTCTCTTTCTTTCTTTCTTCCTCTCCTCACCCCTGTCCTATGTCCTTCCTCCTCCTCTCTCTCCCTTCCTGCCATTCTCCCTCCCTCTCGCTTTCCCTCTCGTCCTGAACTGCACGCCTTGATGTGGCTGGTCTGGCGAAACCAAGACAGGTGTTTTAGTGAGGTTTGGTCCCCTTCAGGCGGCTACTGCGTCGTGAAGTCAGTCATGAGACATCCACAGCGGGATTGACAGATAGAGTGTCCACTGCTACTACTGTTCTTCTCGTGGGTGACGCCCATGACGAACATGGGTGCATCAGCGATGAAACCGGAGATGACAACGGTCTTGGCACCACCGTTCAGATGGGTAGAGGCCTTCTCAATGGTGGTGAAGAGACCTGTTGACTCAACTA 4 2 3' arm Salmo_salar mirnest mir-133 0.00000000000001 dre-mir-133b 0.00000000003 -41.4 (((...((..(((((((.....((((((.((((.((.((((...((..(((((((.(((((....((((((.((..........))...)))))).....))))))))))))..)).)))).))))))..)))))).......)))))))..)).))). (-41.4)