mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCACCTCCTCCTCTCCCTAAA AGGGGAGGGGAGTGAGTGTGTG CTATAATGAAACAGCATTGAACAAACTTTGGCAGCTGAGTCCCACCTCCTCCTCTCCCTAAAGTCAGGCACTTTGATTTTGTGTGTGTTCCCCTTCAGAAGGAGTAAGTGCACCACCCAAGCACTCTTCAAAGTAACTGGTCAGGGGAGGGGAGTGAGTGTGTG CTGGGAAGCCAAGCAGTTTATTGGGAAGTGCGACTGCCCAGTGTGAACTGATACATGATCTGGTCTCTAAAACGACAGTTGCCCCCTCTGGAAACTTAAACATTAAAACTCATGATAGGCACAAAAATAATATATATGAATTGGAAACAGTATAAAAAGAGCCCCTAGGGCAACATTACATAAGGCAGTTATATCAAGTTATATCAGTATATCAAAACCTGTGCGATCACTGGCTTCAGTTGAGGCTTGAGCTACCTACCTAACACTTCTTTGGAAATGCAAAACCTTTGAAATGTCCCAATGAGTCTGTTGTAGGCCTACACATGCCTACTGCTGAATACTGAAGTGTTAGTGGCATGTGCCGTCAGTGAGATTTAGGCTATAATGAAACAGCATTGAACAAACTTTGGCAGCTGAGTCCCACCTCCTCCTCTCCCTAAAGTCAGGCACTTTGATTTTGTGTGTGTTCCCCTTCAGAAGGAGTAAGTGCACCACCCAAGCACTCTTCAAAGTAACTGGTCAGGGGAGGGGAGTGAGTGTGTG 4 2 5' arm Salmo_salar mirnest 100 100 -46.4 .......((..((((..((..(((...))).))))))..)).(((((((((((((((((....((((..(((((((....((((((((....((((....)))).....)))).......))))...)))))))..))))...))))))))))).))).))).. (-46.4)