mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGAGATGATTGTGAAAGCAAG AAGATGCTGTGCCTTACCTCAAC CTCTTTTTAGACGAAGATGCTGTGCCTTACCTCAACTCAGTTTTGATTCTCCATATCCTCAAAAGGTGTGTGTTTCCTGAGGGTTGTCACTTTGATGAGACATAGATATGAGCCAACTGTAACTACCTGAGATGGTATTGCAGCTTAGTGACACACAAAACATGATGTATGAGATGATTGTGAAAGCAAGTCTGTTGAAG ACTAGGTAGTTTTAAGGAATTCTCACCCTTTAAGAATGTCTACTGAACTCTTTTTAGACGAAGATGCTGTGCCTTACCTCAACTCAGTTTTGATTCTCCATATCCTCAAAAGGTGTGTGTTTCCTGAGGGTTGTCACTTTGATGAGACATAGATATGAGCCAACTGTAACTACCTGAGATGGTATTGCAGCTTAGTGACACACAAAACATGATGTATGAGATGATTGTGAAAGCAAGTCTGTTGAAGGT 4 2 3' arm Salmo_salar mirnest 100 100 -40.7 ..((((.(((((.....((((.(((.(((.(((((((((.((((((............)))))).((.(((((.((((((((((..(((..((.(((...))).))..))))))..((((((.((((......))))))))))))))).)).)))))..)).))).)).)))).)))..)))..)))).)))))..)))) (-40.7)