mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTTGGGACTGAGGGAGTACT TACTTCCTCCGTCCCAATAAG CAGATACCATAGTTAAATCATATACTTCCTCCGTCCCAATAAGTGACTCGGTTTTGTCTAGATACGGTATCTAGACACAGTTTAGCATATCTACAAAAAGTTGAGTCACTTATTTTGGGACTGAGGGAGTACTATATGTATGAACACTCGCG ACGGGGTATGTGGGATAAATGGCTCGACACATTTCCAAATACCCGGTATTGATGCACATGTTCCCATTCCCATGTCTAGTCTAAGAGCTATGGAAAGCCCCACAAGAATGCCAGTTATTGTTCTTATTTATGTACTCTCTCCGTTTCACAATGAGTCTAAGGCTCCAATCCCCACCGTGCACACAGACCAAGGATGTACTCCCTCCGATCCATATTAGTTGCCACTAATATAGATGTATCTAGACATATTTTAGTTCTAGATACATTCACACTAGTGGCAGTAATATGAATCAGAGGGAGTACCAAATTCATGAGATAGTTAAATGACATGACAACAGATACCATAGTTAAATCATATACTTCCTCCGTCCCAATAAGTGACTCGGTTTTGTCTAGATACGGTATCTAGACACAGTTTAGCATATCTACAAAAAGTTGAGTCACTTATTTTGGGACTGAGGGAGTACTATATGTATGAACACTCGCGACCCATTTTACATTTTCAAATATAATAGTACATGTTGAAAATATTGCAGTAAGTAACTTCACTGGTGATTTCCTCTGTATGGTGTGATCATCTCACAAAGAGACATATATTTTGCAATGTTCAAGAAATCGGTAATCGTTAACTGCTCGGTCGGCTTGAGTTAAGGGATTAATCGGAAATCAGCCTATTAACTGATTTAATCGGTCGGTTATTAATCGGTGAAATTTTTGAAAATTGCAAATTTCGGGCAATAAAATATGCTCTATTTAACGAGTAAAACTTGAAAAAAAATACAGAAAAAAAAAAAAAAAAAA 5 0 3' arm Festuca_pratensis mirnest MIR1122 0.000000002 far-MIR1122 0.000002 -49.8 ...........(((....(((((((((((((.((((((((((((((((((.((((((..(((((......((((((...))))))..)))))))))))...)))))))))))..))))))).)))))))))...))))....)))....... (-49.8)