mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTGGGTGGAATAGTATAACAAT TGTTATAGTATCCCACCTACCC TCCTCATTAGGGTGGGTGGAATAGTATAACAATGTTGTTCCTAATGTTGTTATAGTATCCCACCTACCCTGATGTAG GGGGGGGTGCTGCGGGTGCGCAAGTCCAAGGGCAAATACGCCTATCTGCTGGAGTCCACCATGAATGAGTACATCGAGCAGCGGAAGCCTTGCGACACCATGAAGGTTGGCGGCAACCTGGACTCCAAAGGCTATGGGATCGCCACGCCCAAAGGATCCTCATTAGGGTGGGTGGAATAGTATAACAATGTTGTTCCTAATGTTGTTATAGTATCCCACCTACCCTGATGTAGCTTTGCTTATGTGTTCTGGTTTGTATAAGGAGATGAGGTAAAACCCCTTAAAATATAAAAAGCCTTGTAATTTATTGTAAGTCAATAAATTGCAAACAAATTTAGAACATTTTTACAAAAATTGTAATGCTTTTTTTGAATGCATTGTCCATTTATATATGGTTTCTCTATTTAGAATGAATTCATGACCAATTGGAATTATTAATAATGATATTGATAATGATAATGCCACATCCCTATTATCCAGCCTTACACAGGTCTGTCTCAGAATCTCTCTCTGTCCAGTTTGTCTTTGCTTAAATGTCTTTTTTAATGTTTTGAATGCCTAAAGTTTGCCTAATATTTTTCCTCTCGTTATACCCCTTCTACTCTCAATTGGTTAACCTGGATTGATTGATAGGTTGATTTTGATAGATTCATTGTTTAGAACTGTTTACTAGTTAGT 2 0 5' arm Salmo_salar mirnest 100 rno-mir-2985 4e-21 -36.3 ....(((((((((((((((.(((.(((((((((((((....))))))))))))).))).)))))))))))))))... (-36.3)