mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGTGTTGTTGTTGTTTTTCG AAAGAACAACAGACGCAACA GAAGAGTATCTGGGCTGATTCTAAAGAACAACAGACGCAACAGCTTTGTCTTTGGTGTGTTGANCACAACTTACGTACGGTACCACTACTCTTCACTGACGTTGCGGTTGTAGGTTTCACGGGGGTGTGGTGTTGTGTTGTTGTTGTTTTTCGAACCCCCACGTTTTTCCAC GTTGTAGTTTGACGTGGGTCGGGCCCTCACGTCATCGGATCACTACGCTGATATCAGATTCGTATCGGCCATTACGGCCGGGGAGTGTAGTGCGCGTGTGTGTGTGTGTGCAGTGGAAAAAGCGATCACTGACTTCTGAAGAGTATCTGGGCTGATTCTAAAGAACAACAGACGCAACAGCTTTGTCTTTGGTGTGTTGANCACAACTTACGTACGGTACCACTACTCTTCACTGACGTTGCGGTTGTAGGTTTCACGGGGGTGTGGTGTTGTGTTGTTGTTGTTTTTCGAACCCCCACGTTTTTCCACCCAATGGGGTCTTAGACCCACGGGTCTTTTACATCCCCAGGCCGGTTTCCCCCATTTATTTACCCCTCGGGTATACGCGGCATCGGTAAAGGGCCTTGTGGTTACACACGGCGTAG 1 2 3' arm Salmo_salar mirnest 100 100 -42.4 ...(((.((.((((....(((..(((((((((((((((((((.((....((((.(((....((..((((((.((((.((((.............))))))))...))))))...)).))).))))...)))))))))))..)))))))))).)))..)))).))..)))... (-42.4)