mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTAGCTCAGTTGGTAGAGCA CTTTACTGTGAGCTGCATG CTGATACTCTAGTAAACATGGGCTTTACTGTGAGCTGCATGCTGCTTCTCAGGGCTTCTCTCAGGCAGCCAGACGCACTGGTCAAGAATCCACAGAATGCACATAATGATCGGCACTGTCAAACTTAAATGTAGCTCAGTTGGTAGAGCATGGTGTTTGCAACGCATGG GGGGGGTTTTAGTAGGGCCCAGGCTAGTGGACTATAATAGAACCTAAAGATGGTTTTAGTAGGGCCCAGGCTAGGCTGCAGGGTGATCTTAGGCAGCCATCCATTCTTTAGTCTGATTGATCCCAATAATGGCACTCTTTTTTTATTTTTTTTCCCTCCTGGCACGGACGCTTGCTAGTTTTCATGTGCAGTTAGGAACTGGTGTAAGTTAGGAAGGTGTTTTTTCTTTTAGAAATGATCACTAAATAATATTAAGATGAGATGTACCCTCCAACAATATTACTAACACATAGTATCTATGGGACGAGTAATACAATACGAAAGTAACACTGTACTGATTAAGAGGTGCCGAATCCGCCCAGTCCTGATACTCTAGTAAACATGGGCTTTACTGTGAGCTGCATGCTGCTTCTCAGGGCTTCTCTCAGGCAGCCAGACGCACTGGTCAAGAATCCACAGAATGCACATAATGATCGGCACTGTCAAACTTAAATGTAGCTCAGTTGGTAGAGCATGGTGTTTGCAACGCATGGTGTTTGCAACGCCAGGGTTGTGGGTTCGATTCCCACAGGGGGGCCAG 2 2 3' arm Salmo_salar mirnest tRNA 0.0000000007 100 -46.6 ...........((((((((..(((((((((.((((((((((((((((...((((...)))).)))))))..((((..(((((((......................)))))))...))))........)))))))))...)))))))))...))))))))......... (-46.6)