mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GCTGGTAAAAAGGAACCAAAT TTGGTCCCCTTCAACCAGCTG AACACCTAATGCTTTGCTAAAGCTGGTAAAAAGGAACCAAATCACCTCTTGAATGGATTTGGTCCCCTTCAACCAGCTGTAGCTATGCTTTGATGAC AGGTACTGTATTATACTGTATGTTCATGTCTCTAGTTTGTTCCAGCTGGGTTGCCGACACTCCAGTCCTTGACCCAGTGAACACCTAATGCTTTGCTAAAGCTGGTAAAAAGGAACCAAATCACCTCTTGAATGGATTTGGTCCCCTTCAACCAGCTGTAGCTATGCTTTGATGACTACATACCGTCCTACCGGAGCTCCTCTCTCTTCAATGTTCTGACTGACTGGATGATAGCGTCAATGATCAGGTGTAGCCAGATGCCTCGACTTAGTGAAGATGAGAGCCGACGTGTCTAAGTGATTATTGATCAAGTATCATGTTTCATTGCTGAGTCTGTCTGCCTTTCTTCCATCTTGACTAATAAAAAAGAAGCCATCAGAGACTG 4 0 5' arm Salmo_salar mirnest mir-133 4e-25 dre-mir-133a-1 4e-40 -31.3 ......(((.((...((((.(((((((..((.((.((((((((............)))))))).)).))..))))))).))))...)).)))..... (-31.3)