mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGGATTGAAGGGAGCTCTG GAGCTCCTATCATTCCAATGA TTTTTGTGTTTGGTTTTGAGGTGGAGCTCCTATCATTCCAATGAAAGGTCTTGCTAGAAGGGGTGGTACAGCTGCTCGTTCATGGTTCCCACTATCCTACCTCCGTTTGAAACCAGGGAGATAGGCCTGTGGCTTGCATGACCGAGGAGCTGCATCGTCCCCTCGCTGGCCGCTCTTTGGATTGAAGGGAGCTCTGCATCTAGGCCTAGTTCATGT ACGCATCAGCAGCACCAAAGAATAGTTCTTTCCTTCATCCTTTCCATCGCCTACAACATAGAAGTAGATTCCACCATTCCACAGCTTTGAAGTTGTATAATATTGTCATCCTGTTCTTCTCTTTTTTTCTTGCATATGGCCTTCATGTATAAAGCATCTCCTGAGCTTGTTCGGAGTTTCATGGCGATAGATGCCAGATCTCGTATTTGATTCGCCATGTTCTTTGCTTGCCTTTTTTGTCTCCCTGGTTTTTGTGTTTGGTTTTGAGGTGGAGCTCCTATCATTCCAATGAAAGGTCTTGCTAGAAGGGGTGGTACAGCTGCTCGTTCATGGTTCCCACTATCCTACCTCCGTTTGAAACCAGGGAGATAGGCCTGTGGCTTGCATGACCGAGGAGCTGCATCGTCCCCTCGCTGGCCGCTCTTTGGATTGAAGGGAGCTCTGCATCTAGGCCTAGTTCATGTTATACTGTTTCCCCTCCGACGATTCTGAAATGGTTTTACCTGCGTTTTCTTTCGTACGTTTCAGATCTGATGCTTTCGCCGACCTTCAAGCTTTGAGCTGTCTTATCTACTCGTTATGTCTCATTACTGTCTAATCCATTCATGTATGTTCTTGATCTGTTTTTGAAAGCCTTACTTTTTTCCATAAATGAAAGATTCAGGTTGTGTTTTGTAATTTGCATATATCTCTTTATTTTTATTCCTTGTTCCTGAAGAGGTAGTAGTACTACTGTCCTTGTTCTTCTTTACCCCCTTTGCTGTCGTACTGTACATTTGTGGTGGTGCTCTTAGATCTTGCGGTAGACGCTATGAGATCCCCATCCTACTTGTGTCCATACGATTTTTTTCTGGTAGAATTGCATCAGATTCCATGTACGTTGTTCTTAGATCTGGCTGCTGAGCGTACCACATGTTTGCAACTGCACCACGTGTTCATCGCATGCTCCCTTGCACCTCTGTTTCAATGCAAAATTTGTAATGTAAATCTAGCTCTAAAAGGTTTTGTAATGTTCACCTGTTCGACATTTTCTGGTTGCAACCGTGATCGTTTATTCATGCAGTC 3 0 3' arm Festuca_pratensis mirnest MIR159 1e-30 far-MIR159 9e-102 -87 .....(((...(((((.((.(((((((((((.(((.(((((.((..((((..((....(((((((((.(((((.((((.(((((....((((...((((.((((............)))).))))...))))....))))).)))).))))).)))).))))).)).))))..)).))))).))).))))))))))).)).))))).....))).. (-87)