mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GCTGGTCAAACGGAACCAAGT GTTTGGTCCCCTTCAACCAGCTA CTGAACTGCACGCCTTGCTGTGGCTGGTCAAACGGAACCAAGTCAGGTGTTTTAGTGAGGTTTGGTCCCCTTCAACCAGCTACTGCGTCGTGAACTCAGTC GGGGCACGTCATGATATGTTATAGTCCCGTGTCATCACTGTTGTGCTTTTACTGACCTCCCTTTTTTCCTGTTTTTCTTTCTCTCTTTTCTAAACAGGAACAAGAGGACGATGTGGGACTCTGAAGTCATGGCTCCAAAATATCATCTCCACTGCCCTCCTGTCTCTCTTTCTTTCTTTCTTCCTCTCCTCACCCCTGTCCTATCTCCTTCCTCCTCCTCTCTCTCCCTTCCTCCCATTCTCCCCCCCTCTCGCTTTCCCTCTCGTCCTGAACTGCACGCCTTGCTGTGGCTGGTCAAACGGAACCAAGTCAGGTGTTTTAGTGAGGTTTGGTCCCCTTCAACCAGCTACTGCGTCGTGAACTCAGTCAGCAGACATCCACAGCGGGATTGACAGACAGAGTGTCCACTGCTACTACTGTACTACTGTAGCCTACTGCTGCTGCTTGTGTGTCTGAATCACGTCAAATTCATCTACTTTTTGTACCACTATGGATGACTTTTTTTTATAGATGTTTCTGTTACGTACATTTTTATGTTGTGTTTCAAAAATAAAGAATTAAAGATG 4 2 5' arm Salmo_salar mirnest mir-133 2e-36 dre-mir-133b 7e-33 -33 ((((....((((...(((.(((((((((..((.((.(((((((((..........)))..)))))).)).))..))))))))).))).))))...)))).. (-33)