mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACAGTATAGATGATGTACTA GGATATCATCATATACTGTAAG TTAGTCTTGTACCCTGGACAGGATATCATCATATACTGTAAGTTCGTTATGGTGACACTACAGTATAGATGATGTACTATCCAGGGTCTCATTCCC GTGTATTTATTTAATATGTAATATCCATAATTTTATCCCCATTAGGTTTATTCATTTAGGCAATGTCATCATGGGACATTGTTCGTTAGTCTTGTACCCTGGACAGGATATCATCATATACTGTAAGTTCGTTATGGTGACACTACAGTATAGATGATGTACTATCCAGGGTCTCATTCCCCCTCCGGATACTATCAGCACACACACACAAGCTGTTGACGGTTGGAAGCTAGAGGGTGGCAATCTAACCGTTACCATTACTGAGTTTTAGCAATGGTAAGGGTTCTATTGATGCCTCTCAATGTCATAGCTACAATAGTACACACATGGACGGATGCTGCTGGCGGTTGGAAGCTAGAGGGTGGCGCTCAAACCGTTACCATTACTGAGTTTTAGCAATGGTAAGGGTTCTAATGCTGCTTCTCAATGTCATCTGGAGTTGTGTTAAAGGAAACTAAAAACTGGTGGACTGGTCTCGTCTTCCTGGCAAGAAGTCGCATTTGATTACAATACCTTAGTGATAGCAAGAGCCAAAGTTGTGTTTAAGAGCTGATTTTGATATTGTAAGATGCTTGTTGACTTGTGAAATAATGTTTAAAATTAAAAACCAAAGAATGACTATCAATGTCTTGGTGTACATCTCACTCTGAATGTTAAATACTGTACCAAGGTTACCACCTCAATGCATGGACAGGTTACACATATGAAATTGTATGAAAGCGTACATATTA 2 1 3' arm Salmo_salar mirnest mir-144 3e-23 dre-mir-144 1e-24 -34.1 .......((.((((((((.((.((((((((.(((((((((.((..(((.....)))))))))))))))))))))).)).))))))))..))..... (-34.1)