mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGAGGCATAGGGCATGGGAAAA TTCCTATGCATATACCTCTTT CTGTTCCTTTTTCCTATGCATATACCTCTTTGAGATCTAGCTTTAAAGAGGCATAGGGCATGGGAAAATGGGGCT CACACAGCGGCCGATTCGAGAGGGGTATCTGTACTCGCTGTTCCTTTTTCCTATGCATATACCTCTTTGAGATCTAGCTTTAAAGAGGCATAGGGCATGGGAAAATGGGGCTGCAGAGGTATTTCACCGACCGGACTACCCCTGGTCAACCAGCACAGCCCTAAGTTCTCCCTGTTCCCCCATCTTGGACCTGAACCAGAGGACTCCAGAAAACAAGACCACAACAAGACACACTGAACGCAGTGGAGAGACTATACCATACCTCGTAATGAGAAACTGTGTTTTACAATGTCCTGAAATATTCTATTGTCATCTCCTTTACTTTGTATTTTTGATGATAATACCATAGTATATTTCGTAGATGTCAAAGTTGTTGTTTTATTGCAGACTTTCTATATTGATGTGTTGTCCACCTAGTGAGTGGAATTGTCTGGTGTTGTTCAGTAACAAAGTCTATAAAAAAAACAATGTTGGGCTGAAGAACCAATTATTGATCTT 2 1 3' arm Salmo_salar mirnest mir-202 5e-24 dre-mir-202 4e-27 -33.4 ..(((((.(((((((((((.(((.((((((((((.......)))))))))).)))..))))))))))).))))). (-33.4)