mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTCCTATGCATATACCTCTTT AGAGGCATAGGGCATGGGAAAA GCTGTTCCTTTTTCCTATGCATATACCTCTTTGAGATCTAGCTTTAAAGAGGCATAGGGCATGGGAAAATGGGGCTG CACACAGCGGCCGATTCGAGAGGGGTATCTGTACTCGCTGTTCCTTTTTCCTATGCATATACCTCTTTGAGATCTAGCTTTAAAGAGGCATAGGGCATGGGAAAATGGGGCTGCAGAGGTATTTCACCGACCGGACTACCCCTGGTCAACCAGCACAGCCCTAAGTTCTCCCTGTTCCCCCATCTTGGACCTGAACCAGAGGACTCCAGAAAACAAGACCACAACAAGACACACTGAACGCAGTGGAGAGACTATACCATACCTCGTAATGAGAAACTGTGTTTTACAATGTCCTGAAATATTCTATTGTCATCTCCTTTACTTTGTATTTTTGATGATAATACCATAGTATATTTCGTAGATGTCAAAGTTGTTGTTTTATTGCAGACTTTCTATATTGATGTGTTGTCCACCTAGTGAGTGGAATTGTCTGGTGTTGTTCAGTAACAAAGTCTATAAAAAAAACAATGTTGGGCTGAAGAACCAATTATTGATCTT 2 1 5' arm Salmo_salar mirnest mir-202 3e-25 dre-mir-202 5e-27 -33.4 ...(((((.(((((((((((.(((.((((((((((.......)))))))))).)))..))))))))))).))))).. (-33.4)