mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GAGCTCCTATCATTCCAATGA TTTGGATTGAAGGGAGCTCTG CTCCCTGGTTTTTGTGTTTGGTTTTGAGGTGGAGCTCCTATCATTCCAATGAAAGGTCTTGCTAGAAGGGGTGGTACAGCTGCTCGTTCATGGTTCCCACTATCCTACCTCCGTTTGAAACCAGGGAGATAGGCCTGTGGCTTGCATGACCGAGGAGCTGCATCGTCCCCTCGCTGGCCGCTCTTTGGATTGAAGGGAGCTCTGCATCTAGGCCTAGTTCATGTTATACTGT ACGCATCAGCAGCACCAAAGAATAGTTCTTTCCTTCATCCTTTCCATCGCCTACAACATAGAAGTAGATTCCACCATTCCACAGCTTTGAAGTTGTATAATATTGTCATCCTGTTCTTCTCTTTTTTTCTTGCATATGGCCTTCATGTATAAAGCATCTCCTGAGCTTGTTCGGAGTTTCATGGCGATAGATGCCAGATCTCGTATTTGATTCGCCATGTTCTTTGCTTGCCTTTTTTGTCTCCCTGGTTTTTGTGTTTGGTTTTGAGGTGGAGCTCCTATCATTCCAATGAAAGGTCTTGCTAGAAGGGGTGGTACAGCTGCTCGTTCATGGTTCCCACTATCCTACCTCCGTTTGAAACCAGGGAGATAGGCCTGTGGCTTGCATGACCGAGGAGCTGCATCGTCCCCTCGCTGGCCGCTCTTTGGATTGAAGGGAGCTCTGCATCTAGGCCTAGTTCATGTTATACTGTTTCCCCTCCGACGATTCTGAAATGGTTTTACCTGCGTTTTCTTTCGTACGTTTCAGATCTGATGCTTTCGCCGACCTTCAAGCTTTGAGCTGTCTTATCTACTCGTTATGTCTCATTACTGTCTAATCCATTCATGTATGTTCTTGATCTGTTTTTGAAAGCCTTACTTTTTTCCATAAATGAAAGATTCAGGTTGTGTTTTGTAATTTGCATATATCTCTTTATTTTTATTCCTTGTTCCTGAAGAGGTAGTAGTACTACTGTCCTTGTTCTTCTTTACCCCCTTTGCTGTCGTACTGTACATTTGTGGTGGTGCTCTTAGATCTTGCGGTAGACGCTATGAGATCCCCATCCTACTTGTGTCCATACGATTTTTTTCTGGTAGAATTGCATCAGATTCCATGTACGTTGTTCTTAGATCTGGCTGCTGAGCGTACCACATGTTTGCAACTGCACCACGTGTTCATCGCATGCTCCCTTGCACCTCTGTTTCAATGCAAAATTTGTAATGTAAATCTAGCTCTAAAAGGTTTTGTAATGTTCACCTGTTCGACATTTTCTGGTTGCAACCGTGATCGTTTATTCATGCAGTC 3 0 5' arm Festuca_pratensis mirnest MIR159 1e-30 far-MIR159 1e-101 -89.5 ......(((...((((...(((((.((.(((((((((((.(((.(((((.((..((((..((....(((((((((.(((((.((((.(((((....((((...((((.((((............)))).))))...))))....))))).)))).))))).)))).))))).)).))))..)).))))).))).))))))))))).)).))))).....))))....))).. (-89.5)